Балтийский флот (линкор, 2 лёгких крейсера, 12 эсминцев, 20 подводных лодок, 78 торпедных катеров и 226 малых охотников) получил задачу прикрыть приморский фланг 2-го Белорусского фронта и обеспечить морскую блокаду немецких войск на Курляндском полуострове, косе Фрише-Нерунг, косе Хель, в районе Гдыни, Данцига и в устье Вислы, не допуская их переброски на усиление обороны Берлина и систематически нарушая морские коммуникации противника;
Днепровская военная флотилия, действовавшая в полосе 1-го Белорусского фронта, должна была содействовать войскам 5-й ударной и 8-й гвардейской армий в переправе через Одер и в прорыве обороны противника против Кюстринского плацдарма, а войскам 33-й армии – в районе Фюрстенберга и обеспечить противоминную оборону водных путей;
Основные усилия авиации надлежало сосредоточить на направлениях главных ударов фронтов. Предварительная авиационная подготовка должна была проводиться в течение трёх ночей только в полосе 1-го Белорусского фронта.
Одновременно с наступлением на главном, Берлинском, направлении планировались наступательные операции на Юго-Западном направлении силами 4-го и 2-го Украинских фронтов в Чехии, Моравии и Словакии и 3-го Украинского фронта в Западной Австрии. При содействии части сил Балтийского флота войска 3-го Белорусского фронта должны были завершить уничтожение остатков восточно-прусской группировки немецких войск, запертых на Земландском полуострове, а войска Курляндской группы войск Ленинградского фронта нанести поражение и принудить к сдаче немецкую группу армий «Курляндия».
Особенность плана операции заключалась в том, что 1-му Украинскому фронту ставилась задача частью сил (первоначально одним танковым корпусом 3-й гвардейской танковой армии) нанести удар по Берлину с юга. При этом разграничительная линия между 1-м Белорусским и 1-м Украинским фронтами, по настоянию маршала И. С. Конева, была доведена только до Люббена (60 км юго-восточнее Берлина). К Люббену, согласно плану операции «Одер», войска фронтов должны были выйти к третьему дню операции. Далее, смотря по обстановке, предполагалась возможность проявления инициативы со стороны командования фронтов. Доведя разгранлинию на карте только до Люббена, Верховный Главнокомандующий после ухода маршалов Жукова и Конева сказал начальнику оперативного управления Генштаба Красной Армии генерал-полковнику С. И. Штеменко: «Кто первый ворвётся, тот пусть и берёт Берлин». Начало очередному соперничеству маршалов Жукова и Конева было положено…
Наступление на Берлин планировалось со всей тщательностью: в Ставке и Генштабе не сомневались, что предстоит жесточайшая битва, которая потребует огромного напряжения сил. К началу наступления фронты произвели крупные перегруппировки войск; особенно значительной была перегруппировка войск 2-го Белорусского фронта. Разведывательная авиация 6 раз производила аэрофотосъёмку Берлина, всех подступов к нему и оборонительных полос. По результатам съёмок, трофейным документам и опросам пленных составлялись подробные схемы, планы, карты, которыми снабжались все командноштабные инстанции. Инженерными войсками 1-го Белорусского фронта было построено через Одер 25 мостов и наведено 40 паромных переправ, надёжно прикрытых истребительной авиацией и зенитной артиллерией. 1-м Украинским фронтом для форсирования р. Шпрее было заготовлено 2440 сапёрных деревянных лодок, 750 штурмовых мостиков и свыше тысячи элементов сборных деревянных мостов.