Игнатий Яковлевич не знал, что решение о прекращении раскопок было принято еще 3 декабря 1934 года. Оно явно было связано с убийством в Ленинграде местного партийного руководителя и члена Политбюро С.М. Кирова двумя днями ранее. Из-за этого резко ужесточился режим охраны правительственных объектов и начал развертываться террор против тех категорий населения, в которых Сталин видел «врагов народа». Если ранее раскопки тайного хода в Кремль были остановлены комендатурой Кремля из опасения, что по нему может проникнуть в правительственные помещения кто-то посторонний, имеющий террористические намерения, то теперь об их возобновлении и речи не могло быть. Тем более что как раз с января 1935 года начало развертываться сфальсифицированное так называемое «кремлевское дело» – о будто бы существовавших террористических группах среди кремлевской обслуги. Это дело было направлено прежде всего против секретаря ЦИК А.С. Енукидзе, которому подчинялись кремлевские службы и который впал в немилость у Сталина. Естественно, в таких условиях никто не хотел рисковать и давать разрешение на новые раскопки в Кремле, чтобы не быть заподозренным в покровительстве «врагам народа».
Следует признать, что раскопки были организованы Стеллецким не самым лучшим образом. Рабочие трудились без энтузиазма и работали, по словам Игнатия Яковлевича, «как мокрое горит, одного десятник захватил даже спящим. Невыгодно, говорят, как ни работай, выше обязательного минимума не получишь». При фиксированной и не слишком большой ставки оплаты труда другого ожидать не приходилось. Перейти же на сдельщину, как предлагал археолог, не удалось. На расчистке хода обычно работали только два-три человека, не раз раскопки без объяснения причин прекращались. Для получения инструмента, техники и даже брезентовых рукавиц приходилось каждый раз писать специальные заявки. Стеллецкий конфликтовал с десятниками, считавшими себя вправе указывать ему, где надо копать. Выяснив, что подземные галереи действительно непроходимы и врагам в Кремль не пробраться, комендант Петерсон утратил интерес к раскопкам.
В войну Стеллецкий оставался в Москве. Эвакуироваться он не стал, опасаясь, что опять, как и в гражданскую, пропадут его материалы. Ученый был награжден медалью «За оборону Москвы». В декабре 1941 года, голодный, в холодной квартире он писал в дневнике: «Проверить упоминаемый в летописи тайник, т. е. подземный ход из Беклемишевской башни к Москве-реке. Пройти из Спасской башни подземным ходом до храма Василия Блаженного, близ которого спуск в большой тоннель под Красную площадь, тоннель весьма загадочного назначения. Пройти из Никольской башни в район Китая и Белого города…».