Не исключено, что Стеллецкий еще раз обратился к Сталину в конце войны. И, вероятно, получил какой-то ответ из его секретариата, так как в обращении в Академию наук в январе 1945 года Игнатий Яковлевич писал: «Но после войны, после победы, заветный клад будет найден! Порукою в том слово Великого Сталина!» Однако Иосиф Виссарионович, пристально интересовавшийся фигурой Грозного, скорее всего, к тому времени уже утратил надежды найти Либерею и новые раскопки в Кремле не разрешил. В конце войны и в послевоенные годы его занимали уже совсем другие проблемы. И неслучайно, наверное, он так и не выпустил на экран вторую серию киноэпопеи Эйзенштейна. Миф Грозного и опричнины постепенно утрачивал свою актуальность. Великая чистка осталась позади. Масштаб репрессий уменьшился, они приобрели более точечный характер и были направлены теперь в первую очередь против «безродных космополитов». Сталина теперь больше волновала проблема преемника, а здесь пример Грозного, так и не сумевшего решить эту проблему, и Смуты, последовавшей после его смерти, мог иметь для Иосифа Виссарионовича только отрицательное значение.
Тем не менее до самой своей смерти в 1949 году Стеллецкий был уверен, что Сталин по-прежнему хочет найти Либерею, а работы по поискам библиотеки были прекращены исключительно из-за интриг его окружения. Но в Кремль археолога больше не пустили.
Тяготы войны привели к тому, что в 1943 году Стеллецкий перенес первый инсульт. В 1947 году, после второго инсульта, Игнатий Яковлевич оказался частично парализован. 18 января 1949 года последовал третий инсульт, после которого ученый оказался прикован к постели.
Умер Стеллецкий 11 ноября 1949 года, повторяя перед смертью только одно слово: «Мойра… Мойра…».
На древнегреческом слово это – судьба. После инсульта бывает, что человек забывает родной язык, но может разговаривать на других языках, которые изучал в своей жизни.
По другой версии, последние месяцы жизни Стеллецкий говорил только по-арабски (этот язык он еще до революции изучил в Палестине), последними его словами были: «Аль-Китаб» – книга. Очевидно, мысли о Либерее, поиски которой стали его судьбой, не оставляли ученого и в последние мгновения жизни.
В 1962 году при поддержке главного редактора «Известий» А. И. Аджубея в газете «Неделя» появляются главы из книги Стеллецкого. В письмах, направленных в «Неделю», читатели взволнованно спрашивали, когда возобновятся поиски библиотеки. Год спустя в Москве была создана общественная комиссия во главе с академиком М. Н. Тихомировым для поисков Либереи. В нее вошли историки, археологи, архитекторы, архивисты: С. О. Шмидт, М. Р. Рабинович, А. Г. Векслер, В. Н. Федоров и другие. Предусматривалось проведение архивных изысканий, изучение топографии Кремля и осуществление археологических раскопок. Вероятно, Аджубей заручился согласием тестя на то, чтобы археологам открыли доступ в подземный Кремль. Однако с падением Хрущева проект потерял свою актуальность. Не получив поддержки наверху, комиссия вскоре тихо умерла. Сразу после этого к вдове Стеллецкого М. М. Исаевич обратилось несколько человек, желавших получить дневниковые записи о раскопках в Кремле и третий том документальной истории библиотеки Грозного. В РГАЛИ сегодня хранятся только первые два тома, судьба третьего тома неизвестна до сих пор. В письмах к другу семьи Исаевич упоминала о загадочном квартиранте, который поселился у нее после долгих уговоров, а в один прекрасный день не вернулся домой. Возможно, рукопись третьего тома исчезла вместе с таинственным постояльцем, скорее всего связанным с КГБ.