Разгром на Ворскле заставил Витовта искать союза с католическим Западом для гарантий независимости его владений. В Литве начинается полонизация. Из православного князя (в крещении Александра) Витовт превращается в католического монарха Виганда-Витольда. И хотя Восточная Русь продолжает видеть в Витовте своего главного защитника, а его зять князь Василий даже отдает своего первенца и наследника Василия Васильевича на воспитание и в заложничество деду, надежда на объединение Руси с Запада постепенно уменьшается. В 1444 г. Русь была потрясена известием о тяжелом поражении, которое понесли под Варной от турок войска католической Европы во главе с польским королем Владиславом III, отправившиеся в крестовый поход на неверных, дабы исполнить обещание Папы Римского помочь грекам. Сам король Владислав пал в бою, как и значительная часть его рыцарей. Надеяться на освобождение с Запада после Ворсклы и Варны больше не было оснований.
При Василии II Московском (1425–1462) в религиозной жизни Руси происходят события, ещё более оттолкнувшие восточную часть Русской земли от западной. В 1439 г. на православно-католическом Соборе во Флоренции две части христианской Церкви принимают решение объединиться после почти четырех веков взаимного неприятия. Заключается Флорентийская уния. Русский митрополит Исидор горячо поддержал унию, но в Москве, куда он вернулся с Собора в 1441 г., унию не приняли и Исидора прогнали. Греки так долго учили русских вражде к католическому миру, что в один миг изменить свой подход русские не смогли. Не приняло унию и большинство православных Западной Руси, но сближающееся с католической Польшей Великое княжество Литовское начинает теперь смотреть на своих православных граждан, отвергших унию, как на сторонников Москвы. Между восточной – московской, и западной – литовской Русью вырастает стена.
Константинополь в то время согласился на союз с католиками, и просить нового митрополита у греков, как это было всегда до того, в Москве не стали. Преодолев долгие колебания, в 1448 г. русские сами поставили себе митрополита на местном соборе епископов. Им стал Иона. Вскоре уния с Римом была отвергнута греками. В Константинополе, завоеванном в 1453 г. турецким султаном, патриарх Геннадий Схолирий подтвердил верность православным догматам. Греки и их сторонники на Руси ожидали, что русские вновь попросят константинопольского патриарха поставлять на Русь митрополита. Но Москва не попросила. И князь Василий и большинство епископов восточной части Руси теперь хотели полной церковной независимости от Константинопольской матери-церкви – самовозглавления (автокефалии). Греки не признали такое желание законным и отлучили Великое княжество Московское от церковного общения со Вселенской Церковью. Отлучение это лежало на Русской Церкви более столетия (1448–1561 гг.) и крайне смущало русских людей. Одни утверждали, что теперь безблагодатна Русская Церковь, другие – что Константинопольская. Сторонников Константинополя на Руси теперь строго наказывали. Так, знаменитый подвижник Пафнутий Боровский за отказ признать законным поставление митрополита Ионы «был им бит и закован в железа». А Константинопольского патриарха и Московский митрополит, и великий князь считали теперь «себе чюжа и отреченна». Река, которая текла из просвещенной Византии на Русь, была почти полностью перекрыта дамбой самовольной автокефалии.