В 1891–1892 гг. безымянную башню (бывшую темницу) отремонтировали, соединили с храмом и перенесли в нее из трапезной придел святителя Иоанна Милостивого, который был задуман на новом месте как своеобразный памятник чудесному спасению от покушений на императоров Александра III и Николая II. Стены расписал по древним образцам Успенского собора во Владимире художник Л.И. Парилов. В куполе над алтарем была изображена коленопреклоненно молящаяся Божия Матерь с омофором в руках, на западной стене – Великого Совета Ангел с многочисленным сонмом святых, соименных жертвователям по устройству придела. На южной стене – изведение ангелом из темницы апостола Петра, и рядом был помещен рассказ о чудесном явлении воеводе Богоматери. В изящном иконостасе итальянского мрамора с Царскими вратами, обложенными по кипарису вызолоченной медью (архитектор Н.А. Вознесенский), поместили образы святых, тезоименных семье императора Александра III, и святых, чья память празднуется 17 октября (день чудесного спасения царской семьи в железнодорожной катастрофе 1888 г.). В специальный киот возле иконостаса поместили образ святителя Николая (художник Чистяков), в память о спасении, как гласила надпись, наследника престола Николая Александровича от покушения 19 апреля 1891 г. в Японии. Мемориальный характер носили и установленные около солеи две изящные хоругви, сделанные в мастерской И.П. Хлебникова. Освящение новоустроенного придела состоялось в ноябре 1892 г., а спустя два года обновили весь храм.
Закрыли Благовещенскую церковь на Житном дворе, как и другие кремлевские храмы, в 1918–1919 гг., а уничтожили в 1932 г., не тронув лишь безымянную башню, но лишив ее внутреннего благолепия.
Благовещения Пресвятой Богородицы в Златоустовском монастыре церковь (уничтожена).
Первое упоминание о монастыре во имя Иоанна Златоуста на московском посаде относится к 1412 г. К началу XX века в нем в окрестностях Златоустовских переулков существовало четыре храма (разрушены в 1933–1934 гг.). Благовещенская церковь выстроена по желанию и тщанием знаменитого адмирала графа Федора Матвеевича Апраксина, сподвижника Петра I, над могилами своих родственников, чьей усыпальницей был Златоустовский монастырь.
До начала 1930-х годов в ней сохранялись надгробия П.Н. Апраксина († 1635), К.Н. Апраксина († 1636), В.П. Апраксина († 1654), М.В. Апраксина († 1668) и других. В 1728 г. в подклете храма был похоронен и сам его устроитель. Перед празднованием в 1914 г. 200-летия победы в Гангутском морском сражении, в котором принимал участие Ф.М. Апраксин, его надгробие и склеп были отреставрированы по проекту архитектора С.К. Родионова.