Бывает, что за одним успехом следует другой, одна радость сменяет другую. Именно так получилось у Ковальского. После блестящей защиты докторской диссертации за результаты, полученные в уральской экспедиции, ученому присуждается почетная премия Петербургской академии наук. Но он и не думал почивать на лаврах. Наоборот, у него появляется жажда новых исследований и открытий.
Научные интересы Ковальского в области астрономии оказались очень широкими. Много сил и времени уделял предвычислению солнечных и лунных затмений, определению орбит двойных звезд и положения околополярных звезд.
По предложению Международного астрономического общества ученый составил каталог положения звезд между 75° и 80° северного склонения до 9,5 величины. В этом каталоге, изданном после смерти Ковальского, насчитывается 4218 звезд.
Мариан Альбертович изучал преломление света, идущего от далеких небесных светил, в земной атмосфере (явление рефракции). Большой вклад в науку, как указывалось выше, Ковальский сделал в области изучения собственных движений звезд. Он вывел основные законы движения и стал новатором в этом разделе астрономии.
Казалось, что для Ковальского должны были гостеприимно распахнуться двери Петербургской академии наук. Но на пути ученого стали два препятствия: польское происхождение и прогрессивные взгляды. Дело в том, что в охранном отделении Ковальский числился в списке неблагонадежных профессоров. Царские приспешники в Академии сделали все возможное, чтобы оградить последнюю от «чуждого» влияния. Однако полностью избавиться от Ковальского им не удалось — уж очень был высок авторитет его как ученого. Мариан Альбертович вошел в Академию на правах члена-корреспондента.
По свидетельству современников, Ковальский в Казанском университете пользовался «почти безграничным авторитетом». Об этом свидетельствует факт единогласного избрания его в 1880 году ректором университета. Правда, от этого поста он отказался, мотивируя свой шаг перегрузкой учебной и особенно научной работой.
Хотя и не хлебом единым сыт человек бывает, но ученый; не мог забывать и о материальной стороне жизни. Семья у Ковальского была большая, а профессорского жалованья не хватало. Пришлось искать работу по совместительству. Такая нашлась в Родионовском институте (Казань). Он стал «инспектором классов». На этой работе ученый находился свыше 20 лет и снискал славу вдумчивого и прогрессивного педагога-организатора.
Ковальский — один из организаторов Русского астрономического общества и сторонник самого широкого общения среди ученых. Он активно участвовал во всероссийских съездах естествоиспытателей и врачей. На первом съезде в 1867 году ученый выступал с докладом о рефракции.