Все в государстве, однако, сознавали, что новый царь не будет в состоянии справиться с государственными делами. Постник и молчальник, он больше походил на смиренного инока, чем на царя. Это хорошо видел уже и его отец, который постарался окружить сына верными и опытными в делах государственных людьми. В первые дни около нового царя мы видим пятерых бояр, которые, составляя как бы постоянный совет при нем, ведают всеми делами правления.
Среди этих пятерых лиц по своим душевным качествам и по своему влиянию на московское население выдается боярин Никита Романович Юрьев-Захарьин, дядя царя, брат его матери Анастасии. Во все царствование Грозного был он вблизи Государя, пользовался его неизменным доверием, однако не только не запятнал себя ни малейшим участием в его жестокостях, но даже прославился как постоянный ходатай перед ним за опальных; не раз добрая рука Никиты Романовича вырывала их из цепких когтей Малюты Скуратова.
Так мирно и спокойно протекала жизнь государства, как вдруг в 1591 году она была нарушена страшным событием: семилетний царевич Димитрий 15 мая был зарезан в Угличе. Жители Углича в тот же день умертвили приставленных к нему Битяговского, Качалова и их товарищей, которых считали виновниками ужасного злодеяния. Через четыре дня из Москвы приехали лица, посланные расследовать все дело: это были митрополит Крутицкий Геласий, князь Василий Шуйский, недавно перед тем возвращенный из ссылки, и окольничий Клешнин. Эти следователи вели дело бестолково, а может быть, и недобросовестно и, вернувшись в Москву, донесли царю и боярской думе, что царевич вовсе не был убит, а сам в припадке падучей натолкнулся на нож. Боярская дума этим странным объяснением осталась довольна, а угличан за самоуправство и за убийство якобы невинных людей сурово наказала. Однако народ не мог поверить наивному объяснению московских следователей и говорил, что царевич убит; а многие прибавляли, что он убит по наущению боярина Бориса Годунова, брата царской жены.
Это страшное дело в Угличе и до наших дней осталось нераскрытым окончательно. Есть некоторые основания считать Годунова виновным в гибели царевича, но доказать его виновность невозможно.
Как бы то ни было, но ближайшего наследника царского престола в 1591 году не стало.
Прошло семь лет, наступил 1598 год. Уже осенью царь тяжело занемог, а в самый крещенский сочельник, к вечеру 5 января, «последний царственный цвет Русской земли отошел от очей всех», писал летописец. Овдовевшая царица Ирина удалилась в монастырь и там постриглась. С Феодором прекратился царский род Рюриковичей, правивший Русью более 700 лет. Русским людям предстояло теперь избрать нового царя, а с ним возвести на престол и новый царствующий дом.