Предание рассказывает, что уже на смертном одре царь Феодор совещался с придворными боярами о том, кому быть после него русским государем, и протянул скипетр своему родственнику, боярину Феодору Никитичу Романову. Последний с поклоном передал скипетр своему соседу, тот своему, и т. д. Никто не осмеливался оставить скипетр у себя, и все смущенно передавали этот символ верховной власти из рук в руки. Но когда очередь дошла до шурина умирающего царя, боярина Бориса Феодоровича Годунова, он поспешно взял скипетр из рук своего соседа и уже не передавал его дальше. Действительно, после Феодора Иоанновича царская власть перешла к Борису Годунову, но не по выбору самого царя Феодора и не захватным путем, а иным образом.
Борис Годунов возвысился еще при Иоанне IV, хотя и умел держать себя в течение этого тяжелого царствования так искусно, что народная ненависть к опричникам и всяким другим «лиходеям», близким к «грозному» царю, миновала его. А при болезненном и удалявшемся от государственных дел Феодоре Иоанновиче Годунов сделался даже фактическим правителем государства: его близкое родство с царем, женатым на Ирине Феодоровне, сестре Бориса, и личные способности доставили ему положение «властодержавного правителя российского царствия». У него заискивали иноземные послы, приезжавшие в Москву; по его слову решались все вопросы внутренней государственной жизни.
Когда царь Феодор умер, Москва признала царскую власть за вдовствующей царицей. Но Ирина Феодоровна скоро удалилась в Новодевичий монастырь и постриглась в монахини. Таким образом верховная власть перешла фактически в руки ее брата, Бориса. Последнему оставалось только законным путем оформить это положение: сделаться и по имени тем, кем он уже давно был в действительности. 17 февраля 1598 года Земский Собор, надлежащим образом подготовленный Борисом, избрал его на царство.
Начало царствования Годунова оставило по себе добрую память в народе. Новый царь был покровителем и защитником «нищих, вдов и сирот убогих», щедрой рукой оказывал помощь пострадавшим от голода и пожаров. Нередко он освобождал многие местности от податей на три, пять и более лет. При нем высоко поднялась русская торговля, совершенно упавшая при Иоанне IV; приняты были меры к ограждению безопасности путей сообщения, к устранению произвола местных властей и разного рода притеснений населения и злоупотреблений со стороны их. Внешняя политика была проникнута миролюбием. Хотя сам он был совершенно необразованным человеком, однако посылал молодых людей учиться за границу, а своему сыну дал очень хорошее по тому времени образование.