28 декабря 1502 года Великий Капитан победил французов в битве при Гарельяно, а 3 января 1503 года сдалась Гаэта, последний важный французский бастион в Неаполе.
Будучи правителем Неаполя от имени Фернандо Католического, Великий Капитан предоставил охранную грамоту Цезарю Борджиа. Этот последний прибыл в Неаполь 28 апреля и был принят со всеми почестями Фернандесом де Кордова в замке Кастель Нуово. А 26 мая он был заключен в тюрьму по приказу короля Испании. Существует множество различных версий относительно этого предательства – было ли оно добровольным со стороны Великого Капитана или он действовал по приказу короля. Создается впечатление, что все-таки верна вторая версия, поскольку Гонсало всеми способами пытался добыть подписанный им документ, в котором он предлагал убежище Цезарю и который покрывал его позором.
Подобные события происходили не впервые. В 1501 году во время оккупации Неаполя Великий Капитан осадил Таренто, где в тот момент находился наследник неаполитанской короны. Чтобы добиться его сдачи, Великий Капитан также предложил охранную грамоту принцу, которую тот согласился принять. Однако Альфонсо Арагонский не смог встретиться со своим отцом, поскольку вместо этого по приказу Фернандо Католического был отправлен в Испанию в качестве заложника, где, правда, с ним обращались со всеми возможными почестями.
Вероятно, именно по этой причине отношения между генералом и королем испортились. Положение ухудшилось в ноябре 1504 года, когда умерла королева Изабелла. Фернандо был изгнан из Кастилии местной аристократией, а Филипп Красивый – муж его дочери Хуаны Безумной, новой королевы Кастилии, – плел против него интриги.
Гонсало Фернандес де Кордова клялся в верности Кастилии, а Неаполитанское королевство, хотя и входившее в состав Арагонской короны в силу династических прав, было завоевано преимущественно кастильскими войсками.
Фернандо, находясь под давлением Франции, своего старого врага, и осознавая тот факт, что Кастилия также обратится против него, изменил стратегию и женился на французской принцессе Германе де Фоиш, заключив таким образом пакт с Францией.
Эта ситуация привела к тому, что Великий Капитан задался вопросом о степени своей преданности Фернандо Католическому. Подтверждением этому является тот факт, что когда Великий Капитан узнал о том, что король направляется в Неаполь, дабы вступить во владение королевством, то в этот момент он занимался подготовкой захвата Искьи, управляемой Констанцией д’Авалос, которая отчитывалась в своих действиях не перед Великим Капитаном как вице-королем Неаполя, но непосредственно перед королем Фернандо. В силу великолепного стратегического положения островов Искья и Прочида именно этот шаг мог стать решающим для завладения королевством. Через несколько месяцев после своего прибытия в Неаполь в 1507 году Фернандо Католический сместил Великого Капитана с поста губернатора, и тот уехал в Испанию, в свои владения Лоха, где и скончался в 1515 году.