К концу января 1671 года Долгорукий и Барятинский погасили пожар по всему среднему Поволжью и в прилегающих к нему областях, но еще оставалось покорить Астрахань, а сделать это было непросто. Крепкие стены, сильная артиллерия и, главное, отдаленность позволили последнему оплоту восстания долго держаться. Утихли крестьянские волнения, палач изрубил на куски Разина, а каспийская твердыня всё стояла.
Желая избежать трудного, дорогостоящего похода, власти попытались привести город к покорности уговорами – слали увещевательные грамоты через астраханского митрополита Иосифа, которого разинцы с их показным почтением к авторитету церкви не тронули во время прошлогодних избиений. Владыка начал говорить народу, что государь милостив и всех простит. Тогда атаман Ус, боясь шатания в умах, велел схватить митрополита. Старика сначала подвергли пытке, а потом скинули с башни – прежде так обходиться с высокими церковными иерархами себе позволял только Иван Грозный.
Казнь митрополита. И. Сакуров
Мало того, что астраханцы отказывались сдаваться и подняли руку на митрополита, они еще и попытались перейти в наступление. Их новый предводитель Федька Шелудяк, сменивший Василия Уса, умершего от какой-то «червивой болезни», пошел с войском вверх по Волге и в июне 1671 года достиг самого Симбирска, но потерпел там поражение от воеводы Петра Шереметева, после чего повернул обратно.
Теперь стало окончательно ясно, что без карательной экспедиции Астрахань не усмирится.
Поход возглавил Иван Милославский, героический защитник симбирского острога от разинской армии. В конце лета он спустился к Астрахани, но взять ее боем не смог – не хватило сил. Атаман Шелудяк бился с воеводой и остановил его.
Тогда Милославский поступил умно. Встав лагерем, он начал слать в город письма с обещанием амнистии. В блокированной Астрахани, целиком зависевшей от подвоза припасов с севера, начинался голод. Некоторые жители стали уходить к Милославскому, и он всех принимал по-доброму. Однако когда на переговоры явился Шелудяк, его не отпустили, а задержали, оставив город без вожака.
На исходе ноября 1671 года Астрахань капитулировала. Только теперь восстание можно было считать закончившимся.
Милославский, как ни странно, сдержал свое слово: никого не казнил и не посадил в тюрьму. Даже Федька Шелудяк и убийцы митрополита Иосифа (они все были известны) остались на свободе.
Но подобная либеральность была не в традициях московского государства. По-видимому, Милославский проявил ее по собственной инициативе, либо же, не имея достаточно войск, поосторожничал, чтобы не вызвать в Астрахани новых беспорядков. Через некоторое время прибыл с подкреплениями воевода рангом повыше, князь Яков Одоевский, и исправил упущение. Всех, кого положено, схватили и казнили.