Спустя некоторое время стали поступать противоречивые сведения о войне. Хотя правительство открыто признавало некоторые успехи мятежников на полях сражений, офицеры в Макондо располагали секретными сведениями о начале мирных переговоров. В начале апреля к полковнику Херинельдо Маркесу прибыл гонец. Он подтвердил, что действительно руководители консервативной партии установили контакты с вожаками революционеров во внутренних районах и вот-вот будет заключено перемирие на таких условиях: три либеральных министра войдут в правительство, либералы получат места в парламенте и будет объявлена широкая амнистия для всех мятежников, которые сложат оружие. Гонец доставил совершенно секретный приказ полковника Аурелиано Буэндия, не принявшего условия перемирия. Полковнику Херинельдо Маркесу следовало отобрать пять своих лучших бойцов и быть готовым покинуть с ними страну. Приказ был выполнен в строжайшей тайне. За неделю до подписания перемирия, в грозовой атмосфере противоречивых слухов, полковник Аурелиано Буэндия и десять его ближайших соратников, среди которых был и Роке Мясник, тайно прибыли поздней ночью в Макондо, распустили гарнизон, закопали оружие и уничтожили архивы. На рассвете они покинули городок вместе с Херинельдо Маркесом и его пятью офицерами. Это была такая стремительная и тихая операция, что Урсула узнала о ней в последние минуты, когда кто-то стукнул в окошко ее спальни и шепнул: «Если хотите видеть полковника Аурелиано Буэндию, высуньтесь в дверь». Урсула соскочила с кровати и бросилась к двери в ночной рубашке, но успела расслышать лишь стук копыт: всадники уже покидали Макондо, подняв ни о чем не сказавшее ей облако пыли. Лишь на следующий день она узнала, что и Аурелиано Хосе ушел с отцом.
Через десять дней после опубликования совместного коммюнике правительства и оппозиции об окончании войны были получены известия о первом вооруженном мятеже полковника Аурелиано Буэндии на западной границе. Его малочисленные и плохо вооруженные силы были разгромлены менее чем за неделю. Но в течение года, пока либералы и консерваторы старались заставить страну поверить в их перемирие, он еще семь раз пытался поднять восстание. Однажды ночью он обстрелял Риоачу со шхуны, а гарнизон в ответ вытащил из постелей и расстрелял четырнадцать самых известных либералов города. Полковник захватил и пятнадцать дней удерживал одну пограничную таможню, обратившись оттуда с воззванием к народу развязать всеобщую войну. В одном из своих походов он три месяца блуждал по сельве, задавшись нелепой целью одолеть полторы тысячи километров девственного леса, чтобы пробраться к предместьям столицы и открыть там военные действия. Как-то он оказался всего в двадцати километрах от Макондо, но правительственные патрули заставили его отступить в горы как раз к тому чудесному месту, где много лет назад его отец наткнулся на остов испанского галиона.