Мало кто знает, что пограничники приняли самое активное участие в афганской войне. Они вели разведку и проводили активные мероприятия против афганских моджахедов в северных провинциях ДРА, граничащих c СССР. Тогда на основании постановления ЦК КПСС от 22 декабря 1981 года на территорию Афганистана на глубину до 100 километров были введены семь мотоманевренных групп (ММГ) пограничников. А две десантно-штурмовые маневренные группы находились на территории СССР, но имели задачи оперативного применения на территории северных провинций Афганистана против моджахедов. Общая численность группировки погранвойск составляла около 8000 человек. Их действия во многом напоминали действия отрядов спецназа ГРУ в Афганистане. Пограничники успешно воевали в зонах своей ответственности во многом благодаря хорошо поставленной разведке.
Выходили из Афганистана они после 40-й армии, на следующий день после сделанного 15 февраля 1989 года на мосту через Амударью заявления Бориса Громова о том, что за его спиной не осталось ни единого советского солдата.
Так закончился афганский этап истории спецназа погранвойск.
На рубеже 1990-х годов обострилась обстановка на границе СССР. Активизировались контрабандисты, переправлявшие наркотики и оружие из Афганистана. Вскоре развалился СССР. Это усугубило проблемы охраны границы. Да и самой границы России на образовавшихся новых рубежах как оборудованного в инженерном отношении сооружения не существовало. В этих условиях необходимо было искать новые формы охраны.
На южных границах в отрядах были сформированы нештатные взводы повышенной боевой готовности. Они являлись мобильным резервом командования отрядов и могли оперативно перебрасываться в районы, где создалась опасность нарушения госграницы или таковое нарушение произошло и требовалось задержать нарушителей. Однако нештатные подразделения они и есть нештатные. Никакого специального финансирования, а значит, вооружения и оснащения не предполагалось. В середине девяностых годов возникла острая необходимость создания штатных подразделений специального назначения Федеральной пограничной службы.
В августе 1993 года, после трагической гибели российских пограничников 12-й пограничной заставы Московского погранотряда на таджикско-афганской границе, Президент Российской Федерации Борис Ельцин уволил руководство Пограничных войск РФ. Командующим пограничными войсками — заместителем министра безопасности РФ был назначен генерал-полковник Андрей Иванович Николаев, занимавший в то время должность первого заместителя начальника Генерального штаба ВС РФ. В декабре 1993 года его должность была переименована, и он стал главнокомандующим пограничными войсками РФ. В декабре 1994 года была создана Федеральная пограничная служба Российской Федерации. Тогда же Николаев был назначен ее первым директором. Он принял решение о формировании специальных подразделений, способных оперативно реагировать на нападения и вести работу по их предотвращению. Помимо этого обстановка на границе требовала от таких подразделений решения и других задач. 17 мая 1994 года он подписал приказ, который положил начало созданию специальных подразделений пограничных войск, к которым относились группа «C» («Сигма»), разведывательные взводы и отдельные группы специальной разведки (ОГСпР).