На подразделения спецназа ФПС РФ были возложены следующие задачи:
• проведение операций, связанных с реализацией оперативной информации о враждебной деятельности спецслужб иностранных государств, экстремистских и преступных группировок как на государственной границе, так и в пунктах пропуска через нее;
• защита в экстремальных условиях помещений, транспортных средств и других объектов ФПС;
• осуществление разведывательно-поисковых мероприятий;
• обеспечение безопасности мероприятий, проводимых руководством ФПС России;
• освобождение заложников из числа военнослужащих войск, органов и организаций ПС РФ;
• изучение оперативной обстановки в районах (местах) предполагаемых действий группы, проведение рекогносцировок указанных районов (мест);
• участие в проведении специальных мероприятий, связанных с реализацией конкретной оперативной информации, в том числе и полученной от взаимодействующих правоохранительных органов;
• участие в розыске и задержании вооруженных групп и лиц, пересекших или пытающихся пересечь государственную границу РФ;
• обеспечение безопасности руководства ФПС РФ во время поездок по стране и за рубеж, оперативного состава ПС РФ при проведении оперативных мероприятий на государственной границе, сотрудников дипломатических представительств РФ в странах СНГ, где дислоцируются ПВ РФ, в условиях чрезвычайных ситуаций;
• обеспечение личной безопасности военнослужащих ПС РФ и членов их семей в случаях, предусмотренных федеральным законодательством;
• обеспечение собственной безопасности группы.
В непосредственном подчинении директора ФПС, его заместителя по разведке находилась группа «C» («Сигма»), на которую возлагались задачи особой важности.
В 1995 году были сформированы два подразделения — в Москве и в Краснодаре. От создания еще одного подразделения в Хабаровске пришлось отказаться по экономическим причинам. Спецподразделения создавались не во всех пограничных округах, а лишь в тех, где была высока вероятность возникновения чрезвычайной ситуации. Эти подразделения назывались разведывательными взводами и подчинялись разведывательным отделам штабов округов погранвойск. Они имелись в Северо-Западном округе, в Северо-Кавказском пограничном округе в Дальневосточном пограничном округе и в группе Пограничных войск РФ в Республике Таджикистан.
Флаг пограничного спецназа (106 ПогООН Воронеж)
Следующим уровнем были отряды округов погранвойск и групп войск. Здесь создавались отдельные группы специальной разведки. Группы спецразведки были созданы в каждом отряде Северо-Кавказского пограничного округа и в каждом отряде группы Пограничных войск РФ в Республике Таджикистан.