Во многих случаях частям пограничных войск с учетом их специфики ставились боевые задачи отдельно от других частей внутренних войск и определялся для них иной порядок подчиненности. Так было на Карельском фронте, о чем свидетельствует приказ № 013 от 3 октября 1941 года. В пункте 1 приказа говорится: «Войска НКВД с первых позиций отвести и возложить на них задачи в соответствии с планом боевого использования пограничных и внутренних войск НКВД». Пункт 2, непосредственно касающийся пограничных войск, предписывал: «Пограничные войска НКВД подчинить непосредственно Военным советам и оперативным группам через начальников охраны войскового тыла Армий, а в оперативном отношении — командирам соединений, отвечающим за направление»[110].
Были предприняты и другие попытки учета специфики подготовки пограничников при их боевом применении. В частности, это учитывалось при расстановке кадров. Однако проблема руководства со стороны ГУПВ одновременно охраной границы и охраной войскового тыла не разрешалась, а все больше обострялась. Нужны были организационные реорганизации. Особенно это стало ясно с приходом в начале 1942 года к руководству пограничными войсками кадрового пограничника генерал-майора Н. П. Стаханова. 28 апреля 1942 года приказом НКВД № 00852 в составе Главного управления внутренних войск было сформировано специальное Управление войск по охране тыла действующей армии, которое в апреле 1943 года было преобразовано в Главное управление. Начальником управления был назначен майор госбезопасности, позже генерал-лейтенант А. К. Леонтьев, а затем генерал-лейтенант И. М. Горбатюк.
Таким образом, руководство частями охраны войскового тыла действующей Красной Армии Главное управление пограничных войск осуществляло только до 28 апреля 1942 года. Что касается того наименования «пограничные», которым именовались полки охраны тыла в последующий период Великой Отечественной войны, то это в основном делалось по инерции и отчасти для того, чтобы сохранить офицерские кадры для использования в последующем их в охране границ, но и это не случилось. На восстановленную западную границу в 1944 году встали не погранполки охраны тыла, а вновь сформированные пограничные отряды, в составе которых лишь небольшой процент составляли командируемые из войск охраны тыла, о чем будет сказано подробно в другой главе.
В связи со снятием с ГУПВ функции руководства войсками охраны тыла в апреле 1942 года следует, видимо, и указать, что непосредственно ГУПВ в реализации мер, определенных известным приказом НКО № 227 от 27 июля 1942 года, за что войска НКВД подвергаются особенно острой критике со стороны части публицистов, участия не принимал. В то же время автор хотел бы отметить, что в основном ужесточение порядка в прифронтовой полосе, определявшееся приказом № 227 в то критическое время, когда враг рвался летом 1942 года к Волге, было оправданно.