Вместе с тем именно при Дзержинском были заложены многие отрицательные явления, вполне понятные в годы Гражданской войны, но получившие негативное развитие в 1930-1950-х гг., когда органы безопасности все больше превращались в орудие борьбы со своим народом, активно использовались в борьбе с революционно-демократическими партиями, даже стоявшими на платформе признания советской власти, со всеми инакомыслящими и с оппозицией внутри самой компартии. Это было время, когда они стали ведомством тотального контроля в политике, идеологии, экономике, Красной Армии, государственном аппарате и общественных организациях.
Дзержинский был беспощаден к политическим противникам, не испытывал к ним ни жалости, ни снисхождения. Он лично занимался арестами и допросами, без суда и следствия решал судьбу людей, как это было в дни «красного террора». С одной стороны, он утверждал социалистическую (революционную) законность… с внесудебными полномочиями(!), с другой стороны — при необходимости руководствовался принципом «политической целесообразности».
Председатель ВЧК-ОГПУ целиком разделял политику высылок за границу и в отдаленные места страны не только деятелей оппозиционных политических партий, но и научно-технических специалистов, литераторов, писателей, поэтов, философов, историков и других представителей интеллектуальной элиты России. По поручению Политбюро ЦК РКП (б) он занимался ликвидацией меньшевистской, эсеровской и других политических партий социалистического направления, лично участвовал в определении меры наказания и режима содержания арестованных. То, что к 1925 г. на территории СССР не осталось ни одной политической партии, кроме большевистской, — результат деятельности и Дзержинского. Любые идейно-теоретические споры о путях социалистического строительства, всякое «особое мнение» в партии рассматривались им как враждебные выступления и прямая контрреволюция. Он активно помогал В.И. Ленину и И. В. Сталину во внутрипартийной борьбе и в расправе со своими политическими оппонентами.
Форсированное строительство социалистической экономики все больше требовало умелого использования труда буржуазных специалистов. Многие распоряжения председателя ОГПУ и ВСНХ свидетельствуют о необходимости согласованной работы чекистов с хозяйственниками и внимательном отношении к инженерно-техническому персоналу. Но с каждым годом все больше возрастает роль органов госбезопасности в качестве важнейшего инструмента хозяйственного строительства. Они осуществляют контроль и проверку исполнения решений высших советских и партийных органов.