Как правило, председатель ОГПУ нелегко соглашался на сужение функций и прав, а также сокращение сметы своего ведомства и по другим вопросам. Часто его оппонентами были М. И. Калинин, Н. И. Бухарин, Г. Я. Сокольников, Н. В. Крыленко, Н. В. Чичерин, Л.Д.Троцкий и др.
И все же многие рекомендации Дзержинского по карательной политике Советского государства заслуживают самого внимательного отношения к ним и сегодня: это и его призыв к сотрудникам соблюдать «величайшую осторожность в арестах и величайшую внимательность при ведении самого дела», требования большей гласности при рассмотрении дел, «не втихомолку вести дело», «убить систему, безответственность и беспечность руководителей», предложение применять решительные меры в отношении лиц, совершавших ложные доносы, ведение широкой профилактической работы с теми гражданами, которые совершали проступки без враждебного умысла.
Дзержинский постоянно подчеркивал необходимость улучшения форм и методов работы органов ВЧК-ОГПУ с учетом конкретных исторических условий. Под его руководством активно велась работа по совершенствованию права, укреплению законности, наметилась тенденция к сокращению и смягчению насильственных мер. Регламентирование деятельности всего госаппарата, перенесение центра тяжести в решении вопросов по охране интересов государства и прав граждан на судебные органы давало возможность защитить население от различных злоупотреблений нарождавшейся нэпмановской буржуазии, а предпринимателей — от произвола чиновников.
Стремление опереться на помощь населения, прежде всего на коммунистов, а также других, лояльно настроенных к новой власти граждан, было весьма характерным методом работы Дзержинского. По его рекомендациям применялись самые разнообразные формы связи с населением: обращения, выступления чекистов с отчетами и докладами, проведение беспартийных конференций, шефство, публикации в газетах и журналах о деятельности органов ВЧК-ОГПУ, коммунистическое осведомление, создание групп и бригад содействия, «чекизация» трудовых коллективов. Но масштабы этой работы зачастую превышали потребности спецслужб и зачастую вели к созданию нездоровой обстановки среди сотрудников учреждений, рабочих фабрик и заводов, красноармейцев и командиров.
Актуально звучат рекомендации Дзержинского по совершенствованию аппарата органов безопасности и экономии средств на его содержание. По его мнению, бюджет ВЧК-ОГПУ — это большое «бремя для государства», так как оно «потребляющее, но не производящее ведомство» и должно «жить за счет труда других», «каленым железом выжигать» преступные элементы