После Крымской войны востребованность молодого генерала была велика. 10 июля 1857 г. новый наместник на Кавказе генерал-фельдмаршал князь А. И. Барятинский обратился с рапортом к военному министру Н. О. Сухозанету откомандировать в Кавказский корпус именно Лорис-Меликова, который становится начальником войск в Абхазии и инспектором линейных батальонов Кутаисского генерал-губернаторства.
В 1860 г. следует новое повышение в должности – пост военного начальника Южного Дагестана и дербентского градоначальника. В этом же году Лорис-Меликов выполняет важное дипломатическое поручение. 11 мая 1860 г. князь Барятинский докладывал Александру II, что М. Т. Лорис-Меликов послан в Константинополь, где вместе с послом России в Турции князем А. Б. Лобановым-Ростовским должен добиться согласия турецкого правительства «на открытие нам трех пунктов на границе, чтобы туда направить группы переселенцев…». Миссия была успешно выполнена, и Лорис-Меликов в июне 1860 г. получил очередной орден – Святой Анны 1-й степени с мечами.
Кавказ, этот тревожный регион, находился в центре внимания властей страны, беспокоил и ближайшее окружение Александра II. В марте 1863 г. Великий князь Михаил Николаевич собрал во Владикавказе представителей разных народов Терской области и объявил, что их начальником станет генерал Лорис-Меликов. По мнению Великого князя Михаила Николаевича, глава Терской области достоин нового производства. Император Александр II прислушался к мнению своего брата – 17 апреля 1863 г. Лорис-Меликов стал генерал-лейтенантом.
Между тем обстановка в крае не была благоприятной. Сложившиеся обстоятельства заставляли Михаила Тариеловича глубже ознакомиться с вверенным ему обширным краем, расположенным от Главного Кавказского хребта на юге до границ Ставрополья и Астраханской области на севере.
Вопрос о переселении северокавказских народов для нового начальника Терской области стал наиболее сложным. Ему думалось, что можно ограничиться переселением горцев внутри вверенной ему территории – с горных районов на равнину. Но кавказский наместник воспротивился этому. Так началось массовое выселение горцев Терской области в Турцию. В Константинополе по улицам толпами бродили голодные переселенцы, на что обращала внимание европейская пресса, обвиняя правительство России в «варварском насилии» над племенами Кавказа.
На освобожденные земли селили казаков. Так возникла казачья зона – от Владикавказа до Кумыкской плоскости.
Недовольство местного населения давало о себе знать. Но Лорис-Меликов стремился сделать все возможное в условиях Кавказа. В своих многотрудных делах он нашел надежного помощника. Это был черкес Дмитрий (Лукман) Кодзоков. До сих пор о нем молчала литература, посвященная деятельности Лорис-Меликова. Выпускник Московского университета, знаток Кавказа служил чиновником по особым поручениям при наместнике Великом князе Михаиле Николаевиче. Лорис-Меликов назначил образованного чиновника председателем Комиссии по разбору личных и поземельных прав жителей Терской области.