В очередном сообщении гроссмейстеру де Валетту защитники форта так описали свое положение: «Враги готовы ворваться в крепость. Бреши обширны, все оборонительные сооружения разбиты, кавальер разрушен, а равелин, находясь в руках неверных, превратился в источник гибели христиан. Форт, возможно, продержится еще несколько дней, но с огромными ежедневными потерями, когда противник истребляет нас на расстоянии без риска для себя. Мы готовы держаться до последнего во славу ордена и веры, если вы найдете это необходимым». В сложившейся обстановке де Валетт потребовал от последних защитников форта Святого Эльма невозможного, заведомо обрекая их на гибель, поскольку пощады им ждать не приходилось: «Знаю, что форт не может держаться, но для спасения всего ордена необходимо, чтобы вы защищали его до последней крайности, даже если вам предстоит погибнуть под его развалинами. Днем позже или раньше – от этого зависит спасение или гибель Мальты. Напоминаю, что в силу вашего обета ваша жизнь ничто, если вы не можете пожертвовать ею во имя веры. Постараюсь доставить вам подкрепление и припасы и сам явлюсь, если исчезнет надежда, чтобы погибнуть с вами». Последним защитникам Святого Эльма предстояло с честью сложить свои головы в неравной схватке, несмотря на все приятые меры. После потери равелина оборону форта возглавил профессиональный солдат Меринда, утверждавший, что «главное для солдата – деньги». Соответственно, он разрешил своим воинам играть на жалованье и даже увеличил винную порцию. Тем не менее в гарнизоне форта не всем была понятна позиция де Валетта, несмотря на воинскую дисциплину, свойственную ордену, что могло в конечном итоге привести к мятежу. Де Валетту в этой обстановке пришлось еще раз провести смену командования форта, поставив во главе его обороны Мельхиора де Монсеррата. При этой замене прежний командующий Миранда вел себя по-солдатски, посоветовав гарнизону «продать свою жизнь варварам подороже».
Канун решающего штурма в лагере мусульман был объявлен днем отдыха, молитв и наставлений воинов имамами и муфтиями – во все времена идущие на смерть подвергались интенсивной идеологической обработке.
Появление мусульманского флота в заливе Мерсамексет 16 июня подняло настроение в войсках, изготовившихся к штурму. Тем временем штурмовая колонна с многочисленными лестницами по рвам подобралась вплотную к стенам форта в ожидании сигнала к атаке, а турецкие стрелки-аркебузеры заняли позиции в траншеях контр-эскарпа в готовности открыть огонь по защитникам форта, как только те появятся на стенах по сигналу атаки, чтобы обрушить на головы атакующих камни, кипящую смолу и пропитанные смолой круги из пеньки, особенно эффективные против скоплений противника. В поредевшей цепи обороняющихся через два солдата занимал свою позицию орденский рыцарь, а между двумя копейщиками находился воин, вооруженный аркебузой. К обороне привлекались даже раненые – по мере возможности им поручалась доставка на стены всего необходимого и эвакуация тел павших. Тягостная тишина наконец была прервана орудийным выстрелом с мусульманских позиций, за которым последовал топот бегущих, звон оружия, вопли раненых и боевой клич «Аллах акбар!»… Очередной штурм начался, чтобы спустя несколько часов заглохнуть под интенсивным огнем единственной пушки форта (помимо огня стрелков, не жалевших зарядов), а главным образом из-за артиллерийского обстрела из замка Святого Ангела, вносившего опустошение в ряды атакующих на правом фланге. Тогда при личном участии Драгута и Мустафы-паши усилия атакующих были перенесены на левый фланг (недоступный обстрелу с другого берега Гранд-Харборе), но и там атака также постепенно выдохлась. Потери атакующих многократно превышали потери осажденных, которых помимо коренных мальтийцев осталось в живых всего сто пятьдесят солдат и тридцать рыцарей. Этим воинам выручки ждать уже не приходилось.