За три недели осады форта Святого Эльма погибло 1200 христиан, потери турок простирались до 4000 человек с лишком, они истратили более восемнадцати тысяч пушечных зарядов из имевшихся восьмидесяти тысяч, гораздо больше, чем могли себе позволить. Над павшим фортом Святого Эльма воцарилась мертвая тишина, словно время остановилось в своем беге при виде того, что творили люди.
Немногочисленным уцелевшим в последнем штурме предстояло в полном смысле позавидовать участи мертвых, когда свой успех победители обесчестили самыми гнусными и бесчеловечными пытками: «Одних убивали тупыми стрелами, другим, повешенным за ноги, распарывали живот, вырывали внутренности и отрубали руки. Даже мертвые не были пощажены: им отрубали головы, а на трупах делали на спине широкие разрезы в виде креста, а потом со скрещенными руками привязывали их к шестам и бросали их в море в расчете, что волнение отнесет к прибрежью города эти грозные свидетельства страшной мести» (Архенгольц. С. 269).
После описанного де Валетту не приходилось уговаривать своих подчиненных на сопротивление врагу. Чтобы не оставаться в долгу, Великий магистр приказал отрубить головы пленным мусульманам и, зарядив ими пушки, салютовать погибшему гарнизону форта Святого Эльма. Как отметил летописец, при известии о падении этого форта Драгут, в течение нескольких дней находившийся в забытье, на минуту оживился, услышав о падении форта, высказал подобие радости и, по словам летописи, «отведал щербет мученичества и покинул тщеславный мир». Самый прозорливый из руководителей осады знал, что сопротивление форта Святого Эльма из-за колоссальных потерь в людях и вооружении положило конец надеждам на овладение Мальтой. Однако если потери в людях при осаде форта были сопоставимыми (четыре тысячи у осаждавших и тысяча двести в гарнизоне форта), то расход боеприпасов делал перспективы штурма на восточном побережье современного Гранд-Харбора главных твердынь христиан на полуостровах Биргу и Сангли весьма сомнительными, тем более что базы снабжения христиан располагались поблизости – на Сицилии.
Реакция европейских столиц на падение форта Святого Эльма на далекой Мальте едва не повергла в ужас христианский Запад. Получив это известие, папа Пий IV повел себя так, как если бы мусульманское войско стояло у ворот Рима, приказав докладывать новости с Мальты и Сицилии в любое время суток, независимо от дня и ночи. Решив, что этого мало, папа всенародно поклялся в том, что не намерен покидать Рим в любой ситуации. Разумеется, трагедия Святого Эльма стала поводом для де Валетта, чтобы срочно запросить у дона Гарсии помощь в десять тысяч солдат, гарантируя смести мусульман с берегов Мальты, поскольку большинство из них – «мусор и неопытная солдатня». Даже если предводитель обороны Мальты ошибался в своем определении, у него были все основания умолять о помощи.