1.07.1902 года Г.П. Чухнин назначен начальником Николаевской морской академии в Петербурге и директором Морского кадетского корпуса, выполнял эти обязанности в течение двух лет. 6.04.1903 года ему было присвоено звание вице-адмирала. На этом посту он подготовил реформу военно-морского образования, представил на рассмотрение в Морское министерство проект положения, устава и штата Морского корпуса, новых учебных программ, сумел поднять на должный уровень дисциплину и организацию учебного процесса.
Но претворению этих идей в жизнь помешала война с Японией, которая открыла боевые действия против Тихоокеанской эскадры в январе 1904 года. Командующим флотом в Тихом океане был назначен вице-адмирал Н.И. Скрыдлов, бывший в то время главным командиром Черноморского флота и портов, а на его место в Черное море был направлен Г.П. Чухнин (с 26.04.1904 г.). Чухнин прибыл в Севастополь в период обострения революционной борьбы на флоте. С присущей ему решительностью он начал ломать сложившуюся годами на флоте систему несения службы, обучения и воспитания личного состава, встречая на каждом шагу непонимание и даже сопротивление со стороны офицеров и глухой ропот и недовольство матросов. Одновременно Чухнин принимал неотложные меры по скорейшему вводу в строй строившихся в Севастополе и Николаеве новых кораблей – броненосца «Князь Потемкин Таврический» и крейсеров «Очаков» и «Кагул» для усиления 2-й Тихоокеанской эскадры. На Дальнем Востоке Россия терпела одно поражение за другим и на суше, и на море.
В стране назревала революционная ситуация. Чтобы не допустить возможных совместных выступлений моряков и рабочих Севастополя, вице-адмирал Г.П. Чухнин 1.11.1904 года издал приказ, запрещавший увольнения в город, что вызвало возмущения матросов и бунт в казармах Черноморской флотской дивизии 3.11.1904 года.
В июне 1905 г. на Черноморском флоте вспыхнуло вооруженное восстание на броненосце «Потемкин». Чухнин с данными ему императором полномочиями «примерно наказать бунтовщиков» принял чрезвычайные меры и не допустил распространения восстания на другие корабли флота. Виновные были жестоко наказаны: руководители восстания расстреляны, сотни матросов пошли под суд, были сняты с постов и должностей старшие офицеры вплоть до флагманов.
11.11.1905 года в Севастополе произошло очередное вооруженное восстание рабочих и матросов Черноморской флотской дивизии, выступивших против властей. В восстании приняли участие крейсер «Очаков» и несколько малых кораблей флота. Севастополь 13 ноября был объявлен на осадном положении. По приказанию Чухнина крепостная артиллерия и корабли флота расстреляли крейсер «Очаков», а войска взяли штурмом восставшие казармы флотской дивизии. Восстание в Севастополе было потоплено в крови. Весь 1906 год шел суд над восставшими, руководители восстания во главе с лейтенантом П.П. Шмидтом были расстреляны. Г.П. Чухнин, несмотря на многие свои положительные качества, всегда отстаивал устои и традиции господствовавшего в тот период общественно-политического строя. Поэтому в период ноябрьского вооруженного восстания он стал известен своей жестокостью во время подавления и расправы над революционерами.