В 1886 году в служебной деятельности Чухнина начался новый этап – командование кораблями. 24.11.1886 года Чухнин назначен командиром канонерской лодки «Маньчжур», строившейся в Копенгагене, в 1887 году привел ее в Кронштадт. Блестяще оборудованная, в полной боевой готовности и отлично испытанная в Балтийском море, канонерская лодка в сентябре 1888 года вышла в поход на Дальний Восток. В 1888—1890 годах Чухнин находился в кампании в морях Тихого океана. Был строгим и требовательным командиром, научил офицеров лодки ходить по китайским, корейским и японским шхерам без лоцманов и отказывался от лоцмана во время заходов в порты. 1.01.1890 года Г.П. Чухнин получил чин капитана 1-го ранга. Через два года Чухнина назначили командовать броненосной батареей «Не тронь меня» на Балтийском флоте, в мае 1892 года – крейсером 1-го ранга «Память Азова». Чухнин получил приказ привести крейсер с Дальнего Востока на Балтику для ремонта и представления корабля на императорском смотре в Кронштадте. 21.08.1893 года корабль «Память Азова» после ремонта вышел из Кронштадта в Копенгаген, где Александр III провел смотр кораблю, после чего путь его лежал в Тулон. По пути следования присоединился к эскадре контр-адмирала Ф.К. Авелана, шедшей на торжества по случаю заключения франко-русского союза. До конца ноября 1894 года корабль находился в составе эскадры.
В это время началась война между Японией и Китаем, в которой первая была инициатором конфликта. России пришлось стягивать на Дальний Восток морские силы, чтобы обезопасить свои восточные границы. Для усиления Тихоокеанской эскадры из Пирея (Греция) на Дальний Восток вышел отряд кораблей в составе крейсера «Память Азова» с минными крейсерами «Всадник» и «Гайдамак». Отряду российских кораблей пришлось выдержать суровые испытания – в декабре в Индийском океане попали в зону сильнейших штормов. В этом трудном переходе ярко проявилось морское и командное мастерство Григория Павловича Чухнина. В феврале 1895 года отряд присоединился к эскадре.
Прибытие вслед за отрядом Чухнина эскадры из Средиземного моря значительно усилило морские силы России на Востоке и вынудило Японию прекратить военные действия против Китая. В январе 1896 года Чухнин был произведен в контр-адмиралы и назначен младшим флагманом эскадры Тихого океана, а 20.10.1896 года вступил в должность командира Владивостокского порта. С именем Чухнина во Владивостоке связано очень многое. Основной его заслугой в этот период можно считать переоборудование Владивостокского порта, что позволило сделать его базой Тихоокеанского флота, в котором корабли эскадры могли, кроме стоянки в бухте, получать комплексное техническое обслуживание, ранее производившееся в иностранных портах (в основном в Японии). Григорий Павлович способствовал тому, чтобы во Владивостоке были открыты памятники адмиралу Г.И. Невельскому (1897) и адмиралу В.С. Завойко, георгиевскому кавалеру и участнику Крымской войны 1853—1856 годов (1901).