Но люди так и не поняли Божью цель. Вместо понимания сущности главного, непокорность человеческой натуры, горделивость несовершенного сознания, непонимание Божьей цели привели к ненужным спорам и кровавым распрям по абсурдным и фиктивным проблемам – единичности или множественности Бога. Эти споры привели к глубокому расколу в христианстве, начиная от школы антиохийской под руководством священника Арии и александрийской школы под руководством Епископа Александра. Это вовлекло широкие массы верующих в злобные и кровавые распри. В результате христианская религия превратилась из религии простых народных масс в религию, служащую интересам Римской империи, она стала государственной религией. Ведь первый Никейский вселенский собор в 325 году созывался и проводился императором Константином, и «Царство Божие» превращается в роскошь и могущество «Царства Константина». А в 553 году император Юстиан, созвав и проведя пятый вселенский собор, окончательно подменил религию интересами государства. Вселенские соборы, призванные объединять все течения в христианстве, так правильно и не решили вопрос о природе Иисуса, но подменили цели и интересы Бога интересами государства и священнослужителей, что положило начало режиму абсолютной нетерпимости. Этот режим постепенно станет составной частью доктрины папства и войдет в практику всех средневековых государств. Отныне те, кто «более не почитают истинного Бога», лишаются общественных, гражданских и государственных постов. Каждое религиозное неповиновения сурово каралось, вплоть до конфискации собственности еретика в пользу верующих. Постепенно церковь прибавляла в силе и богатстве, и создавались условия для главенства и славы христианских деятелей. Возникали конфликты по вопросам контроля над властью между политическими и религиозными деятелями. Европа пала жертвой деспотических войн пап и императоров. Люди, которые относились к церкви как к проявлению духовности Христа, были твердыми сторонниками духовенства, и с их помощью мирская власть и влияние церкви усиливались день ото дня до тех пор, пока ее, не имеющее себе равных господство, не было навязано народам Европы.
Христианская иерархия стала такой влиятельной в Европе, что не менее десяти королей и политических деятелей Германии и Франции были отлучены от церкви папой. Некоторые крупные земельные собственники потеряли все. Некоторые были принуждены нести публичное наказание за инакомыслие и свободомыслие. Отсюда развилась инквизиция с ее кострами и пытками. Церковь велела, чтобы Тарнили высекли до полусмерти за его заявление, что звезды не падают со своих определенных траекторий, а Кемиленда бросали в тюрьму 27 раз за его утверждение, что существуют бесчисленные иные миры, кроме Земли. Церковь заточила в тюрьму Галилео за его утверждение, что Земля вращается по орбите вокруг Солнца. Церковь пытала Гарвей за преступление, заключающееся в доказательстве, что кровь циркулирует в теле по артериям и венам. Церковь заключала в тюрьму Христофора Колумба за то, что он открыл землю, не упомянутую святым Павлом. Церковь отлучила Паскаля и Монтеня за безнравственность, а Мюллера за святотатство и безнравственность и т. д.