Помпей хорошо понимал, что Цезарь не только не распустит войска, а постарается стянуть их со всей Галлии и начнет гражданскую войну. Столкновение между Цезарем и Помпеем становилось неизбежным.
Летом 48 года до Р. Х. в решающей битве при Фарсале Помпей был разгромлен. Победа Цезаря была полной. Сам Помпей бежал на Лесбос, оттуда попытался проникнуть в Египет. Желая извлечь политические выгоды из ситуации, ближайшие советники египетского царя организовали убийство Помпея и передали его голову Цезарю.
Оказавшись в Египте, Цезарь был втянут во внутриегипетские проблемы. Дело в том, что в 51 году до Р. Х. умер царь Птолемей XII, и между его детьми – 12-летним сыном Птолемеем XIII и 18-летней дочерью Клеопатрой VII (вернее, между их придворными кликами) – разгорелось соперничество. Победу одержали сторонники юного Птолемея, Клеопатра была отстранена от власти и выслана из Александрии. Однако энергичная царица не смирилась со своей участью. Воспользовавшись прибытием Цезаря, Клеопатра сумела увлечь римлянина своей красотой, а также выгодностью политического союза между ею, как повелительницей Египта, и римским командующим.
Покоренный красотой и незаурядным умом юной царицы, и понимая необходимость решения внутридинастических отношений, Цезарь провел в Египте девять месяцев, бросив на самотек все другие военные и политические дела. Правда, в Египте ему удалось подавить сопротивление противников Клеопатры и утвердить ее власть, причем в этой междоусобной борьбе Цезарь чуть не погиб. И хотя благодарная Клеопатра предоставила в распоряжение римлянина все свои огромные богатства, длительное пребывание в Египте позволило политическим противникам Цезаря оправиться от поражения и вновь собрать свои силы.
Как и в прошлые годы, Цезарь и его единомышленники действовали решительно, смело и дальновидно. После затянувшегося пребывания в Египте римский диктатор выступил против новоявленного восстановителя Понтийского царства Митридата и его сына Фарнака, и в битве при Зеле римские легионы без особого труда разгромили армию боспорского царя (47 год до Р. Х.). Именно об этой победе Цезарь написал знаменитые слова: пришел, увидел, победил – подчеркивая решительность действий и скоротечность всей кампании. Эта стремительная победа стабилизировала военно-политическую ситуацию во всех восточных провинциях.
Пользуясь полученными от сената полномочиями диктатора на 10 лет (вместо 6 месяцев по римской конституции), Цезарь не только смог изыскать огромные денежные средства для раздачи щедрых наград, он смог решить еще более сложную задачу – вывести своих многочисленных легионеров (более 100 тысяч человек) на земельные участки.