ХАМАС признан террористической организацией властями США и Израиля. Однако до лета 2001 года израильские военные придерживались негласного правила — уничтожать только боевиков из военизированного крыла движения. В 2001 году израильский премьер Ариэль Шарон распространил тактику точечных ликвидаций на политических лидеров ХАМАС. Так, 22 марта 2004 года израильской ракетой был убит духовный лидер организации шейх Ахмед Ясин. Меньше чем через месяц, в апреле 2004 года, израильтяне уничтожили другого лидера ХАМАС — Абдель-Азиза ар-Рантиси.
Сегодня наиболее известные лидеры организации — это Халед Машаль (курсирует между Катаром и Сирией), а в самой Палестине — Махмуд Захар и Исмаил Хания. Европейский союз в 2002году признал террористическим только боевое крыло движения, однако через год это решение распространилось на всю организацию. Россия не включает ХАМАС, «Исламский джихад», также как и «Хизбаллу», в свой список террористических организаций. Само собой разумеется, что не называют ХАМАС террористическим и арабские страны.
Руководящим органом движения является консультативный совет (Маджлис аль-шура), в который входят наиболее известные лидеры движения. После ареста в 1991 году шейха Ахмеда Ясина ХАМАС возглавил назначенный Ясином Муса Абу-Марзук, живший с 1974 года в США, где занимался сбором средств для организации «Братья-мусульмане». Марзук провел реорганизацию, усовершенствовал структуру, назначил на руководящие должности несколько молодых выдвиженцев.
Муса Абу-Марузк предпринял значительные усилия в сфере улучшения финансирования организации, а также привлечения новых сторонников. При нем были открыты филиалы ХАМАС в США, Европе, Саудовской Аравии, Иордании, Сирии, Ливане, Иране. Цели террористических операций ХАМАС — деморализация населения, дискредитация политических, социальных, военных и силовых структур Израиля. ХАМАС вербует боевиков в университетах, школах, мечетях. Создает отряды шахидов, которым внушается, что гибель во имя Ислама — самый короткий и верный путь в рай. Шахиды в возрасте от 18 до 27 лет — из бедных семей, часто неграмотны, что облегчает лидерам организации идеологическую обработку, которая практически ведется методами, близкими к зомбированию. Последнее время зарегистрированы случаи, увы уже нередкие, когда шахидами становятся даже дети. Так, израильскими спецслужбами был задержан восьмилетний ребенок, обвязанный так называемым поясом шахида и пытавшийся привести его в действия на КПП.
Один из лидеров ХАМАСа Ахмед Баха обосновывает акты шахидов: «Такие действия не являются самоубийством, мы называем их акциями джихада. Коран рекомендует джихад в борьбе против врага. Аллах разрешает отвечать врагу ударом на удар. Это месть Аллаха, а не человека. Именно он выбирает героя, который приносит себя в жертву, и никто больше. Воля Аллаха должна исполняться».