Первая группа транспортов разгрузилась почти без проблем. Все было рассчитано штабом флота верно, в ночное время противник не действовал.
Вечером 29.12.1941 г. начали прибывать транспорты 1-го отряда. Корабли по плану должны были швартоваться к 11 причалу в южной части бухты. Первой начала вход в бухту 2-я группа 1-го отряда транспортов.
29.12.1941 г. в 22.10 в Феодосийский порт вошел транспорт «Шахтер». Первой выгрузилась разведрота, выгрузка матчасти была закончена в 5 утра.
29.12.1941 г. в 22.20 в бухту вошел «Ташкент». В связи с тем, что в порту отсутствовали буксиры, корабли пытались ошвартоваться самостоятельно. Сильным отжимным ветром транспорт «Ташкент» стало наваливать на следовавший за ним «Красный Профинтерн». Все дело в том, что большой корабль, имея малый ход, становится почти неуправляемым. Дать ход вперед было невозможно, впереди был причал. Чтобы избежать столкновения, капитан К.И. Мощинский принял единственно правильное решение: дав ход назад и пройдя мимо «Красного Профинтерна», вышел в акваторию порта, но затем снова потерял ход и был прижат к защитному молу с внутренней стороны. Учитывая отсутствие буксиров, в 2.30 было принято решение выгрузить личный состав на защитный мол. Выгрузка личного состава была завершена к 11.00 30.12.1941 г. На борту оставалась только техника и тяжелое вооружение.
29.12.1941 г. в 22.30 ошвартовался «Красный Профинтерн», транспорт без проблем выгрузился к 5.00 30.12.1941 г.
29.12.1941 г. в 23.00 в порт начали входить транспорты 2-й группы 1-го отряда: «Зырянин» и «Ногин». Первый ошвартовался к внутренней части широкого мола, второй в глубине бухты, к причалу № 9. Транспорт «Жан Жорес» ошвартовался не входя в бухту к внешней стороне широкого мола.
В 23.56 к борту крейсера «Красный Кавказ», находившегося на рейде, для приема раненых подошел эсминец «Железняков». Перегрузка не удалась из-за сильной зыби. Командир эсминца получил приказ дождаться разгрузки транспортов 2-й группы 1-го отряда и следовать вместе с ними. Командир эсминца приказ не выполнил и уже в 3.00, не дождавшись транспортов, взял курс на Новороссийск.
30.12.1941 г. «Зырянин» разгрузился к 6.00 31.12.1941 г. и утром вместе с двумя транспортами 1-й группы («Шахтер» и «Красный Профинтерн») убыл в Новороссийск.
Тральщик № 11, он же Т-401 «Трал», сопровождавший транспорты 2-й группы 1-го отряда «Шахтер», «Ташкент» и «Красный Профинтерн», в 14.57 30.12.1941 г. был направлен в бухту Двуякорная. Отразив атаку двух самолетов, экипаж тральщика снял с крейсера «Красный Крым» штаб генерал-майора Дашичева и высадил его на Широкий мол. По донесению командира корабля, «в результате девятибалльного шторма на БТЩ обмерзла носовая 100-мм пушка, обвесы покрылись 30-см слоем льда, залило водой часть носовых и кормовых помещений». В вахтенном журнале транспорта «Красный Профинтерн», который находился в том же районе, указано: «…3–6 м/с, восточной четверти, море пять баллов, зыбь, температура –16».