Вторым погиб «Ногин», разгружавшийся у широкого мола на причале № 2. Разгрузка была почти закончена, но во время налета транспорт поразили две авиабомбы, в результате чего он затонул. На борту осталось много продовольствия. Остальные транспорты получили повреждения.
В самом конце разгрузки, около 8 утра у борта крейсера «Красный Кавказ» разорвалось четыре авиабомбы. Крейсер осел кормой. Почему зенитчики крейсера, имеющего достаточно мощное зенитное вооружение, не смогли отразить налет – непонятно. По воспоминаниям, налет «проспали». Второй самолет поразил авиабомбами морской охотник СКА-058, который немедленно пошел ко дну.
При выходе на рейд крейсер был атакован вторично – и вновь получил попадание авиабомбы. Корму крейсера выбросило из воды, оторвало правый винт и кронштейн левого гребного вала. Баллер руля был погнут, из-за чего руль заклинило. Корабль начал еще больше оседать кормой. Водоотливные средства с откачкой воды не справлялись. Корабль 6 узловым ходом смог дойти до Поти, но при этом верхняя палуба до 4-й орудийной башни оказалась уже под водой. Результат обследования: «Затоплена корма по 104 шп.; пробоины с правого борта в подводной части 2 × 2,5 м, 2 × 2 м, 3 × 1,5 м, с левого борта 2 × 1,5 м, 0,8 × 1 и деформация корпуса в районе 114–134 шп.; разрушен ахтерштевень; перебит киль на 114 шп.; сорваны с места шесть броневых плит в корме; повреждена дейдвудная труба; кронштейн, гребной вал и винт правой кормовой машины оторваны; повреждены водонепроницаемые переборки на 114,119,125, 131 шп.; повреждено рулевое устройство и рули». Крейсер выбыл из строя до начала июля 1942 г.
3.01.1942 г. в 23.00 транспорт «Пестель», имея на борту 690 бойцов пополнения, прибыл в Севастополь в охранении эсминца «Смышленый». На следующий день в Севастополь прибыли с Кавказа транспорты «Львов», имея на борту 710 человек маршевого пополнения, 80 т боезапаса, 3 орудия, и «Потемкин», доставивший 412 человек маршевого пополнения и 139 т муки.
Десант в Евпаторию 4–6 января также обернулся потерями для флота. В последние дни трудного 1941 г., командующий Черноморским флотом Ф.С. Октябрьский от лица военного совета ЧФ дает телеграмму, в которой говорится: «…в Севастополе провожу перегруппировку, готовим контрудар и выброску десанта в случае отхода противника в города Евпаторию и Ялту…» Доставка первой волны десанта была возложена на корабли ОВРа: быстроходный тральщик Т-405 «Взрыватель» с охранением из пяти катеров МО, и буксир СП-14 в охранении двух катеров МО. Всего 7 морских охотников, буксир и тральщик.