Солидно прикрывалась главная боевая рубка, овальные стенки которой состояли из 150-мм плит, а крыша — из 50-мм. Учитывая горький опыт слишком «доступных» рубок времен Русско-японской и, отчасти, Первой мировой войны, щели в ней были совсем узкими, а наблюдение в основном производилось через перископы. Интересно то внимание, которое уделили немцы слабому месту — соединению крыши с вертикальными стенками. Плиты крепились при помощи «ласточкина хвоста», просверленного и закрепленного болтами, да к тому же головки болтов дополнительно приваривались к броне! Защита наиболее важного в бою персонала не ограничивалась лишь главной боевой рубкой. Практически все вспомогательные посты на мостике имели защиту сверху и с боков из 20-мм броневых листов. Вниз, к центральному посту, вела бронированная 60-мм коммуникационная труба, заключавшая все кабели.
Местное бронирование не ограничивалось и нижним мостиком в целом. Главный командно-дальномерный пост (КДП) в верхней части башенноподобной надстройки, боевые посты на уровень ниже него, а также адмиральский мостик имели 20-мм защиту. Листами такой же толщины прикрывались остальные дальномерные посты и кормовой пост управления. Массивные купола КДП зенитной артиллерии защищались 14-мм (по другим данным — 17-мм) броней. Прикрыты были также дымоходы (20 мм, выше броневой палубы) и позиции прожекторов на трубе (12 мм). Задняя боевая рубка прикрывалась 30-мм броней. Противоосколочную защиту (10 мм) имели и 105-мм зенитные установки.
Как следует из приведенного описания, германские конструкторы попытались осуществить полное броневое прикрытие практически всех ценных объектов крейсера. Бронирование «Хиппера» напоминает «Тирпиц» или «Шарнхорст» в миниатюре с соответствующим утоньшением плит. Такое решение обеспечило большую площадь защиты и большую вероятность сохранения боевых свойств при попадании снарядов относительно мелкого калибра (например, из орудий эсминцев) и осколков. Однако «размазывание» защиты на столь длинном корабле сказалось на прикрытии жизненно важных частей. Броня не обеспечивала гарантированной защиты не только от 203-мм, но и в значительной мере даже от 152-мм снарядов. Механическая установка и погреба прикрывались с бортов 80-мм поясом и 30-мм скосом палубы, что в совокупности, с учетом разнесенной защиты и наклона скоса, было эквивалентно 110— 130 мм вертикальной брони.
Сверху те же объекты прикрывались либо двумя палубами (в сумме от 55 до 42 мм), либо же, при попадании снаряда в верхнюю часть борта под большим углом падения, — только нижней, 30-мм. Это, в общем, даже хуже защиты непосредственных предшественников германских кораблей — французского «Альжери» и итальянских крейсеров типа «Пола».