Почему же Брюн, не вызывавший большого доверия императора, да и сам не слишком симпатизировавший Бонапарту, вдруг получил столь высокое звание, став высшим сановником империи? По этому поводу Рональд Делдерфилд пишет: «Страна оживленно обсуждала имена, которые должны были оказаться в списке генералов, удостоенных звания маршала, и некоторые из них с уверенностью предсказать было очень трудно. Массена попадал в список непременно. В его пользу говорила блистательная защита Швейцарии и Генуи. С другой стороны, некоторым офицерам высокого ранга было бы неприятно увидеть имена Брюна, Периньона и осторожничающего старого Монсея рядом с именами таких признанных военачальников, как Ланн и Ожеро. Подоплеку следовало искать в намерениях Наполеона. Он собирался объединить своим списком все общественные направления послереволюционной Франции, и среди первых восемнадцати маршалов можно найти республиканцев, бывших королевских офицеров, быть может, готовых переметнуться на сторону Бурбонов, несложных по своему менталитету, умеренных типа Мортье, искренних патриотов, вроде старика Келлермана, и группу более молодых генералов, которые поднимались по ступеням военной карьеры вместе с Наполеоном и продвижением по службе были обязаны своему таланту, развитому с его помощью». Однако после получения маршальского жезла военная карьера Брюна не была столь насыщенной и блестящей, как у большинства его коллег. Но все же новоиспеченный маршал не лишился высоких должностей. В сентябре 1805 года Брюн был назначен главнокомандующим армией Булонского лагеря, а в середине декабря следующего года стал губернатором ганзейских городов: Бремена, Гамбурга, Любека. С 29 апреля 1807 года Брюн командовал обсервационным корпусом Великой армии. Когда шведский десант, высадившийся с боевых кораблей, начал боевые действия против французов, осаждавших Кольберг, Брюн выступил навстречу противнику. Уже в августе он отбросил шведов в Штральзунд, а через месяц принудил их к капитуляции. Последний оплот шведов в Померании – крепость Штральзунд – пала. Но вместо похвал маршал навлек на себя гнев великого императора. Республиканец по убеждениям, Брюн продолжал беспокоить императора не только своими суждениями. Дело в том, что во время подписания капитуляции маршал совершил дерзкий поступок, вызвавший резкое недовольство Наполеона: ставя подпись под этим документом от имени «Французской республики», Брюн ни словом не упомянул в нем Наполеона, хотя тот являлся главой государства. Это произошло 27 октября 1807 года при встрече со шведским королем в Шлаткове, когда Брюн, как сообщалось, «унизил достоинство представителя великой империи и вовсе не обнаружил той привязанности, которою он был обязан Наполеону» (во французско-шведском договоре Брюн упомянул термин «французская армия» вместо «армия Его Величества Императора и Короля»).