По утверждениям некоторых исследователей, не только страсть к наживе, но и другие слабости натуры не смог простить Наполеон Бонапарт этому полководцу. Вот что об этом пишет И. Попова: «Присущая Брюну беспринципность, когда он с легкостью и не раз менял свои политические убеждения и пристрастия, привела в конце концов к девальвации его моральных принципов. В годы Революционных войн Брюн слыл строгим блюстителем республиканской морали. Известен случай, когда он приказал расстрелять перед строем солдата только за то, что тот в отсутствие хозяев зашел в дом, чтобы напиться воды. И вот через какой-то десяток лет этот пламенный революционер и убежденный демократ, бравирующий своей неподкупностью, становится, по всей вероятности, небескорыстно злостным покровителем всякого рода проходимцев, казнокрадов и контрабандистов. Такое нравственное перерождение бывшего сподвижника вызвало взрыв негодования даже у Наполеона, обычно весьма снисходительно относившегося к человеческим слабостям. Приговор императора был суров, но справедлив. Не исключено, что на примере Брюна он решил преподать урок всем другим высшим военачальникам, склонным к подобного рода поступкам. А в качестве „козла отпущения“ им был избран маршал, менее других ему симпатичный». «Также необходимо отметить, – добавляет исследовательница, – что на завершающем этапе Итальянской кампании 1800–1801 годов Брюн допустил непростительную для полководца оплошность, поставившую его армию на грань поражения. Избежать этого удалось только благодаря пассивности обескураженного ранее понесенными поражениями противника, который упустил возможность воспользоваться выгодным моментом и разгромить армию Брюна, разбросавшего свои силы по частям, а также помогла оперативность подчиненных Брюну генералов, прежде всего П. Дюпона, которые своевременно исправили ошибку своего главнокомандующего. Но эта ошибка Брюна не ускользнула от пристального внимания Наполеона, который сразу же после завершения этой кампании под благовидным предлогом отстранил Брюна от командования и больше никогда уже не доверял ему командовать армейскими объединениями». Но, как бы там ни было, напомним, что свою репутацию полководца Гильом Брюн не запятнал ни одним поражением, из всех масштабных сражений его армия неизменно выходила победительницей.
Часть историков придерживается мнения, что причина многолетнего отстранения верного соратника от дел кроется в его идеологических разногласиях с императором. Оставаясь убежденным республиканцем, «генералом революции», Брюн не вписывался в окружение Наполеона Бонапарта, создающего монархическое государство. И если поначалу император попросту предпочитал не замечать полководца-республиканца (но и не обижал своего давнего соратника), то в определенный момент чаша его терпения переполнилась. Это случилось, когда Брюн совершил «непоправимое», – как писал сам Наполеон, «унизил достоинство представителя великой империи». С тех пор император вычеркнул из своей памяти имя опального полководца и долгие годы не вспоминал о нем.