Между тем дворянское своеволие стало серьезным препятствием даже для планов Ватикана. Вероисповедание в Речи Посполитой также отнесли к шляхетским «свободам». Если благородный человек хочет исповедовать ту или иную религию – имеет полное право. Шляхтичи, теша собственное самолюбие, становились лютеранами, кальвинистами, арианами. Но сохранялась и сильная партия православных во главе с князем Константином Острожским. Отстаивала интересы своей веры на сеймах, перед сенатом. Тут уж король ничего не мог поделать – имеют право. Подтачивать православную знать получалось только постепенно. Для этого у иезуитов имелась их система образования. Самих магнатов не задевали, но их дети поступали в лучшие иезуитские колледжи. В них, как уже отмечалось, католицизм никому не навязывали. Но рядом с учениками оказывались друзья, наставники, ненавязчиво подталкивали их к мысли, что православная вера «мужичья», вообще не к лицу благородному человеку.
Простонародью любить Сигизмунда тоже было не за что. По сравнению с его правлением, даже времена Стефана Батория казались вольготными и благодатными. Ну а как же, Украину еще не закрепощали, полякам не раздавали – не успели. Казаков не запрещали и не давили. Мало того, отряду реестровых дали государственные регалии-клейноды, наделили его землей. Тогда-то и стали рождаться легенды про «доброго» Батория, как он ценил и любил казаков. Уже в XIX в. Н.В. Гоголь писал свои произведения, собирая народные предания, и у него в повести «Страшная месть» фигурирует мудрый и справедливый «король Степан», дававший казакам ответственные задания и щедро награждавший их за подвиги в войне с турками (которой реальный Баторий никогда не вел).
Но в вопросах веры Сигизмунду и иезуитам не удалось сладить даже с простонародьем. Уния споткнулась о православные братства. Они издревле существовали при храмах в разных городах. Прихожане содержали свои церкви и священников, выбирали для этого старост, органы самоуправления, устанавливали правила взносов, собирали общие «братчины» на престольные праздники. Некоторые храмы принадлежали ремесленным и купеческим городским общинам, служили их центрами, в них заседало правление, хранилась общинная казна. А в условиях, когда на православие периодически возобновлялись гонения, братства вырабатывали готовность сопротивляться, созывать прихожан на защиту своей церкви.
Самое острое противостояние с католиками было в западных районах – во Львове, Вильно. Здесь городские власти вообще принимали постановления, запрещавшие православным торговать, вступать в ремесленные цехи, даже строить дома в городской черте. Но Львовское и Виленское братства стали самыми боевыми, сплоченными. В них состояли богатые купцы, шляхтичи. Они подбирали и содержали умелых юристов, которые постоянно жили в столице, при необходимости подавали судебные иски, добивались отмены незаконных решений. Очередная атака на православие началась как раз во Львове, мы уже говорили, как в 1584 г. католики громили и захватывали храмы.