Система самоуправления, которая сложилась на Запорожье и которая могла существовать, благодаря ранее названным факторам, в новых условиях сама по себе становилась причиной ликвидации Запорожской Сечи, так как начинала представлять для России опасность, которая могла выражаться в возможных бунтах, восстаниях, изменах. Кроме того, Сечь могла продолжать укрывать беглых и гайдамаков, а также продолжать территориальные споры, нападая на располагавшихся на их исконных землях поселенцев из новослободских полков, Славяносербии и др. Уничтожение же Запорожской Сечи сулило немалые выгоды чиновникам и дворянам[379].
О богатстве запорожских земель свидетельствует показатели ее экономического развития. К концу своего существования Запорожская Сечь достигла небывалого хозяйственного расцвета[380]. Однако вместе с этим очень усилилось социальное расслоение среди казаков, что приводило к бунтам казачьей бедноты и посполитых, живших на землях запорожцев. Большие экономические успехи Запорожской Сечи также не могли устраивать Россию, так как экономическая самодостаточность могла способствовать закреплению автономии Запорожской Сечи в составе Российской империи.
Г. А. Потемкин мог иметь свои мотивы упразднения Сечи. Так, например, запорожцы, защищая свои владения, препятствовали тотальному уничтожению лесов. А лес был необходим для постройки черноморского флота и новых городов в регионе. Помимо этого сечевики обладали богатой казной. При уничтожении Сечи было захвачено 120 тысяч рублей золотом. И вся эта огромная сумма поступила в распоряжение светлейшего князя[381].
Следует подчеркнуть, что Россия еще до ликвидации Запорожской Сечи в 50-х годах XVIII века начала активную деятельность по колонизации свободных земель Левобережья и Правобережья Днепра с использованием переселенцев из славянских стран. С этим связано появлением Новосербии и Славяносербии, переименованных в Новороссию при Екатерине II[382]. Новые поселения стали появляться и на территории Запорожья, что приводило к конфликтам.
Ликвидация же Запорожской Сечи позволила российским властям продолжить колонизицию Запорожья простым путем. Началась, так называемая «помещечья колонизация». Помещики стали получать в виде пожалований огромные массивы новороссийских земель, включая бывшие казачьи земли. Кроме того, огромные участки раздавались царским фаворитам, генералам, вельможам[383].
В связи с этим показательна судьба другого казачьего формирования – Войска Донского. Так как в регионе, в котором зародилось и развивалось донское казачество, не было крупных центров силы за исключением России, то донцы быстро попали под ее влияние. Способствовало этому и наличие религиозных, этнических и хозяйственных связей между донцами и населением России. Постепенно Войско Донское полностью утратило свою самостоятельность. Но как военная организация, находящаяся в подчинении России и имеющая важное стратегическое месторасположение, оно было сохранено, так как это было выгодно российским властям.