Логическим продолжением вышеуказанного издания была «Боевая летопись Военно-Морского Флота 1941–1942»[95], написанная коллективом историков и представлявшая собой значительно исправленный и дополненный вариант предыдущего издания. Важной особенностью этой работы было то, что авторы практически впервые в военной литературе отметили главные недостатки в боевой подготовке личного состава и общей нацеленности Краснознаменного Балтийского флота к боевым действиям. В частности, авторами было отмечено, что «уровень боевой подготовки кораблей на КБФ к началу войны оказался очень неравномерен, что, в свою очередь, сказалось на уровне боевой готовности сил и способности их решать присущие им задачи»[96].
Один из авторов-составителей «Боевой летописи ВМФ», военно-морской историк Н. Ю. Березовский опубликовал затем в 1990-х гг. в различных журналах целую серию очень содержательных статей о развитии Рабоче-Крестьянского Военно-Морского Флота в период 1920-х годов[97], и прежде всего, о развитии теоретических взглядов на применение Военно-Морского Флота в будущей войне.
К 50-летнему юбилею окончания Великой Отечественной войны 1941–1945 гг. вышла книга известного военно-морского историка капитана 1-го ранга В. Д. Доценко об участии Советского Военно-Морского Флота в войне[98]. Данный труд носил в целом обзорный характер и в основном опирался на уже вышедшую литературу, однако автор по-новому взглянул на многие известные события войны. В частности, автор весьма подробно остановился на таких эпизодах в боевой деятельности КБФ, как Таллиннский переход в августе 1941 г., справедливо указав на неправильные действия командования КБФ при его подготовке и тяжелые последствия этого решения. В дальнейшем, автор развил данную тему в рамках своего 4-х томного труда «История военно-морского искусства», где в 3-м томе описал неудачные действия Краснознаменного Балтийского флота по эвакуации гарнизона Таллинна. В рамках этого исследования автор также предпринял попытку оценить уровень боевого управления флотом и процесс предвоенной боевой подготовки КБФ[99].
Теме участия Военно-Морского Флота СССР, в том числе и Краснознаменного Балтийского флота в советско-финляндской войне 1939–1940 гг. были посвящены сразу две монографии сотрудника Института военной истории МО РФ капитана 1-го ранга В. И. Жуматия[100], вышедшие в 1995 г. и 1997 г. Они представляют собой учебные пособия для курсантов и слушателей высших военно-морских учебных заведений (ВВМУЗ). При написании этих работ автор широко использовал документы из фондов РГВА и РГАВМФ, а также имеющуюся литературу по теме. Правда, краткий, очерковый характер данных работ не позволил автору подробно и всесторонне рассмотреть проблемы подготовки Краснознаменного Балтийского флота к войне с Финляндией. Оценки боевой деятельности КБФ в ходе советско-финляндской войны в данных работах являются излишне оптимистическими, далекими от действительности. В частности, автор утверждает, что КБФ успешно справился с боевыми задачами