Подводные силы также испытывали ощутимый недостаток в командных кадрах: требовалось 10 командиров больших подлодок (36 %) и 23 командира средних лодок (30 %). Ощущалась также острая нехватка значительного количества специалистов – 22 артиллеристов для штабов и соединений надводных кораблей (20 %), 23 минёров для кораблей и судов охраны водного района (31 %), 26 штурманов (32 %) и 22 минёров (38 %) для подводных лодок[1453]. Наибольшую нужду КБФ испытывал в инженерно-техническом составе (некомплект – 401 человек, что составляло 28 %) и в административно-хозяйственном составе (некомплект – 333 человек, что составило 40 %)[1454].
Надо заметить, что такая же тревожная ситуация с обеспечением командными кадрами наблюдалась и в следующем, 1940-м году, когда Краснознаменный Балтийский флот интенсивно рос и развивался, осваивая новые для себя плацдармы в Эстонии и Латвии. Всего в период с 1 января по 1 декабря 1940 г. на Балтике было сформировано 245 новых частей и кораблей с общей численностью 42294 человека. Причем, формирования шли ежемесячно, в среднем по 20–25 частей. Наибольшее количество новых формирований пришлось на наиболее напряженный летний период боевой подготовки флота (май – июль 1940 г.), когда ежемесячно формировалось по 28–30 (!) частей. Наконец, формирование сразу четырех штабов новых военно-морских баз вызвало, по словам командующего КБФ В. Ф. Трибуца, «уже сильное разжижение штабных командиров»[1455].
В итоге, к декабрю 1940 г. Краснознаменный Балтийский флот продолжал ощущать значительный некомплект командно-начальствующего состава всех специальностей, который выражался в 2240 человек по флоту, береговой обороне и тылам. Это составляло 25,5 % к штатной численности начсостава КБФ. В надводном флоте не хватало 470 человек (21,3 %), в подводном – 140 человек (20,8 %). В надводных силах некомплект в первую очередь был за счет штурманов, минеров и механиков-дизелистов[1456]. Довольно серьезной была нехватка кадров в Береговой обороне, где не хватало 550 человек, что составляло 27 % от штатов, и в зенитно-артиллерийских частях (43 %). Кроме того, КБФ в 1940-м году был вынужден обеспечивать формирования по отправке кораблей на другие флоты, что потребовало от него выделения ещё 66 командиров и начальников[1457].
Несмотря на предпринятые командованием флота значительные усилия, проблема нехватки командных кадров плавно перешла и на следующий, 1941-й год. На 21 января на Краснознаменном Балтийском флоте общий некомплект по частям флота, береговой обороны и тыла выражался в сумме 2421 человек, что составляло 30,6 % от всей штатной численности комначсостава