Но, пожалуй, главным фактором, сильно снижающим общий уровень готовности КБФ к войне, была низкий уровень оперативной и тактической подготовки подавляющей части командно-начальствующего состава флота. Данное обстоятельство неизменно отмечалось командованием ВМФ и КБФ на самом высоком уровне и являлось одной из главных причин неудовлетворительных результатов различных учебно-практических мероприятий флота. На протяжении всей второй половины 1930-х годах ситуация с состоянием БП постоянно внушало большую тревогу у руководства ВМФ. Неудивительно, что в 1940-м году многие показатели боевой подготовки КБФ «благодаря» этому обстоятельству оказались на весьма низком уровне. Очень плохо обстояло дело с артиллерийской подготовкой соединений. Перед войной была также плохо отработана минно-заградительная операция на главном оборонительном рубеже, от проведения которой зависел успех всего начального периода войны. Много недостатков наблюдалось в действиях морской авиации, имевшей высокий уровень аварийности.
Иными словами, боевая подготовка Балтийского флота на протяжении всей второй половины 1930-х – начала 1941 годов страдала серьезными недостатками и являлась одним из решающих факторов плохой подготовленности КБФ к началу боевых действий Великой Отечественной войны. Причины этого положения заключались в значительной степени в том, что Военно-Морскому Флоту приходилось довольствоваться тем личным составом, который имелся на тот момент. Что же касается качества подготовки командиров всех уровней, то она в значительной степени определялась общим социальным и образовательным уровнем СССР того времени.