От Краснознаменного Балтийского флота в данной ситуации требовалось уничтожить эстонский военно-морской флот, нанести удар по морским базам Эстонии и содействовать наступлению сухопутных войск Ленинградского военного округа. Нарком обязал Военный Совет ЛВО представить план операции 27 сентября
[2153].
Действуя в рамках подготовки к войне, 27 сентября 1939 г. Военный совет КБФ разработал первый вариант плана боевых действий против Эстонии – приказ № 4/оп. В преамбуле приказа оговаривались условия начального периода боевых действий: «Флот Эстонии в базах. Финляндия и Латвия нейтралитета не нарушают, считаются нейтральными». Для оказания поддержки наступающим частям Красной Армии, Краснознаменный Балтийский флот должен был, путем уничтожения флота Эстонии, разрушения морских баз Таллин и Кунда, и недопущения военных кораблей в Финский залив, обеспечить непосредственное содействие продвижению фланга армии, и подготовить овладение укрепленным районом Таллина. Далее перед всеми основными соединениями флота были поставлены боевые задачи[2154].
28 сентября 1939 г. командующий войсками Ленинградского военного округа командарм 2-го ранга К. А. Мерецков направил Военному совету КБФ директиву № 4411сс/ов, где приказывал Краснознаменному Балтийскому флоту в составе всех сил находиться в полной боевой готовности к утру 29 сентября 1939 года. Флоту было поручено, «прикрывшись от латвийского и финского флотов», решить ряд боевых задач. В том случае, если Латвия окажет поддержку Эстонии, Краснознаменному Балтийскому флоту было приказано «захватить флот Латвии и не допустить ухода его в нейтральные воды соседних стран»[2155]. С учетом требований командования Ленинградского военного округа, 29 сентября Военный совет Краснознаменный Балтийского флота утвердил второй вариант приказа № 4/ оп. Помимо общего приказа, были также разработаны отдельные приказы по действиям соединений надводных кораблей и подводных лодок КБФ[2156].
С 27 сентября на Краснознаменном Балтийском флоте началось оперативное развертывание сил флота. В связи с этим важным мероприятием, 26 сентября в 16 ч. в Штаб КБФ прибыл народный комиссар ВМФ флагман флота 2-го ранга Н. Г. Кузнецов[2157]. Присутствие наркома на Балтике в этот момент было отнюдь не случайным: оно свидетельствовало о серьезности готовящихся на флоте мер. Вероятно, пребывание Н. Г. Кузнецова было тесно связано не только с непосредственной подготовкой КБФ к войне с Эстонией, но и с организацией необходимого повода к войне (casus belli) – «потопления» парохода «Металлист» и «атаки» на транспорт «Пионер». Надо сразу отметить, что данные события находились в тесной связи с политическими и военными действиями Советского Союза.