Вряд ли имело смысл распределять подлодки КБФ равномерным образом по всему пространству Балтийского моря, нарезая для них повсюду одинаковые позиции. Ведь еще война с Финляндией показала явную нерациональность позиционного метода действий субмарин. Вероятно, их следовало нацелить на выполнение какой-то одной задачи (например, нарушение коммуникаций противника) и дать возможность действовать методом «свободной охоты». Имевшейся морской авиации, численность которой хоть и увеличилась к началу Великой Отечественной войны, также не хватало для выполнения большого количества задач на таком обширном театре военных действий. Тем более что значительную часть авиапарка составляли устаревшие типы истребителей и бомбардировщиков.
Таким образом, практически все соединения КБФ получили слишком много боевых задач. При этом необходимо помнить, что результаты боевой подготовки КБФ в 1940-м году оказались более чем неутешительными, на что особо обратил внимание нарком ВМФ адмирал Н. Г. Кузнецов в своем докладе на декабрьском совещании командующих флотами и флотилиями в 1940-м году. По его словам, в подготовке Балтийского флота «получился безусловный провал»[2399].
Наконец, самым главным недостатком плана боевых действий Краснознаменного Балтийского флота был неверный расчет на непоколебимость приморских флангов армии. Другой вариант развития обстановки даже не предусматривался. А ведь вопросами эвакуации военно-морских баз перед войной на флоте специально не занимались, и никаких оперативных разработок на сей счет не существовало[2400], что в перспективе было чревато одними импровизациями и потерями. По мнению Военного совета КБФ, даже для располагавшейся вблизи границы военно-морской базы Лиепая не существовало ровным счетом никакой угрозы. В связи с этим, эта передовая база флота была опасно перегружена боевыми кораблями и вспомогательными судами, часть из которых находилась в ремонте.
В результате подобной недооценки, в ночь с 23 на 24 июня 1941 г., ввиду тяжелой ситуации на сухопутном фронте, в гавани Лиепаи пришлось взорвать эсминец «Ленин» и 5 подводных лодок, ряд вспомогательных судов, а также большой флотский склад с минами, торпедами и глубинными бомбами. Крайне неудачно прошла эвакуация сил флота из базы Виндава, где был брошен целый ряд вспомогательных судов и большое количество боеприпасов, продовольствия и материальных ценностей флота. Аналогичная ситуация складывалась и в Риге, и лишь экстренные меры командования флота по эвакуации кораблей, находившихся в Прибалтийской военно-морской базе (Отряд легких сил и 1-я бригада подлодок, несколько десятков транспортов), предотвратили массовую потерю ценных боевых кораблей. Однако в Риге на морских складах остались большие запасы боеприпасов и продовольствия