Совершенно неизученным аспектом, и при этом крайне важным для изучения данной проблемы, остается процесс боевой подготовки на Балтийском флоте на протяжении 1930-х – начала 1941 годов. Долгие годы эта тема не разрабатывалась в силу засекреченности большинства документальных материалов. Но даже доступность в последние годы документов по данной теме не привела к серьезным качественным сдвигам в исследовании данного вопроса. Большинство исследователей практически не касаются проблемы состояния БП на Балтийском флоте, хотя именно боевая подготовка личного состава определяла очень многое в боевой готовности флота перед грядущей войной. И это надо признать очень серьезным недостатком отечественной историографии.
С проблемой боевой подготовки флота тесно связана и другая проблема – состояния командно-начальствующего состава КБФ перед войной. Большинство историков предпочитают не замечать очевидных фактов, свидетельствующих о крайне низком уровне оперативной и тактической подготовки командиров Советского ВМФ. Вместо этого, подавляющее большинство авторов ограничиваются привычными, избитыми штампами о влиянии репрессий на состояние боевой подготовки флота. Никто из исследователей даже не предпринял попытки рассмотреть качество подготовки командиров и их профессиональные навыки.
Ещё более закрытой темой всегда являлось оперативное планирование КБФ в предвоенный период. Связано это было и с секретностью большинства документов вплоть до начала 1990-х годов, а также с тем, что данная тема позволяла выявить негативные моменты в процессе подготовки к будущей войне на море. Ведь при рассмотрении оперативных планов можно было увидеть очевидные недостатки в работе советского военно-морского командования – такие, как авантюризм и непрофессионализм при составлении планов будущей войны. В лучшем случае, некоторые исследователи отмечали лишь отдельные недостатки в отдельно взятых оперативных разработках, не замечая при этом очевидных негативных тенденций советского военно-морского планирования на протяжении 1930-х – начала 1940-х годов.
Наконец, долгие годы оставалась малоизученной такая тема, как применение КБФ в ходе внешнеполитических акций Советского Союза в 1939–1940 годах. Наиболее известным сюжетом при этом являлась советско-финляндская война, по истории которой лишь в последние годы стало появляться всё больше публикаций. Однако данная тема стала доступной для изучения лишь в последние два десятилетия, когда были открыты для исследователей многие архивные документы. Но при этом практически не рассматриваются действия КБФ в период оказания военного давления на республики Балтии осенью 1939 и летом 1940 года, когда флот стал важным инструментом советской внешней политики. Это также является упущением в освещении истории Балтийского флота.