При императорах Зеноне и Анастасии совершались попытки найти компромисс между позициями халкидонитов и монофизитов. Но не таков оказался Юстиниан. Едва его дядя Юстин взошел в 518 году на престол, он обратился к Папе, который решительно не одобрял политику компромисса, и пообещал отстаивать истинную веру, как определил ее Халкидонский собор. Для тех, кто не разделял постановления собора, жизнь серьезно осложнилась. В сердце монофизитского движения, Египте и Сирии, репрессии начались с «еретических» епископов, которых изгоняли из их епархий и заменяли халкидонитами. Монахинь и монахов – монофизитов заставляли покинуть монастыри. Однако вскоре Юстиниан столкнулся с тем, что установлению единообразия есть пределы. Если малочисленных гомосексуалистов, иудеев и оставшихся язычников преследовать было несложно, то монофизитов оказалось слишком много, чтобы воздействовать на них силовыми методами. Изгнанные епископы ушли в подполье и продолжали проводить службы для своих прихожан. Даже в устойчиво халкидонском Константинополе император столкнулся с противодействием со стороны собственной жены Феодоры, которая была монофизиткой. Ей удалось вернуть некоторых сосланных епископов, а в 535 году она даже добилась того, что патриархом Константинопольским был назначен монофизит Анфимий, митрополит Трапезундский. Правда, как только его убеждения стали известны, он был отстранен и провел следующие 12 лет, тайно живя во дворце Феодоры. Но даже рьяный Юстиниан вынужден был признать поражение и вернуться к поиску компромисса.
Однако, хотя он не сумел навязать единой доктрины, империя, без сомнения, была уже полностью христианской и господствующая вера все больше влияла на самые разные стороны жизни. Евсевий и другие теоретики сформулировали постулат о том, что римский император был наместником Бога на земле и что границы империи определяли границы христианского мира. Действительно, на протяжении большей части своей истории жители Византии называли себя римлянами, а название «византийцы» появилось гораздо позже. Учитывая духовное значение императорской власти, публичные церемонии приобрели религиозный подтекст. Веками возвращение императора в столицу считалось крупным общественным событием, и, когда в августе 559 года Юстиниан совершил торжественный въезд в Константинополь после нескольких недель отсутствия, во время которого он инспектировал строительство укреплений во Фракии, его встретили у городских ворот префект и другие сановники и красочная процессия двинулась по главной улице, Месе. Однако достигнув храма Святых апостолов, кавалькада всадников резко остановилась. Император спешился и вошел в церковь, чтобы помолиться, и лишь после молитвы церемония продолжилась. Больше того, церковные службы и императорские церемонии все больше походили друг на друга, и на них пелись одни и те же гимны.