Среди таких номинальных христиан, вероятно, был и Прокопий Кесарийский. Внешне он был образованным христианином, вхожим в придворные круги. Как и Евсевий во времена Константина, он написал панегирик императору, превознося строительную деятельность Юстиниана и утверждая, что «там, где император проявляет свое благочестие, божественные существа не избегают принимать участие в человеческих делах». Он также написал объемный труд, посвященный войнам, которые велись в царствование Юстиниана, хотя, что любопытно, сам император упоминается там совсем нечасто. Но в то же время Прокопий писал другую работу, так называемую «Тайную историю», которая при жизни автора не получила широкого распространения. Здесь он обнаружил свои истинные чувства, излив на Юстиниана и его жену Феодору не меньше желчи, чем Зосима в свое время на Константина. Юстиниан в этой хронике предстает перед читателем не просто расточителем, равнодушным к благополучию подданных: его преследования тех, кто не признавал официальную религию, перевернули мир с ног на голову. Это был резкий протест, но его голос постепенно затихал. Когда языческое поколение Прокопия ушло, уже не было никого, кто мог бы прийти им на смену.
Последние язычники оказались не единственными, кто испытал на себе тяжкие последствия ревностной христианизации Юстиниана. Именно при его воинствующем христианском режиме было ужесточено законодательство в отношении гомосексуалистов, и при нем же процветало двойственное отношение к предполагаемым врагам Христа, иудеям. Закон, который защищал их жизни и собственность, оставался в силе, но Юстиниан не мог не вмешаться. Он ввел другой закон, согласно которому, если в каком-то году иудейский Песах случался перед христианской пасхой, отмечать его можно было лишь после христианского праздника. Это постановление, вероятно, вскоре было забыто или даже вовсе никогда не соблюдалось, но оно демонстрирует неприятие Юстинианом религиозных различий. Однако на кого гнев императора обрушился с особой силой, так это на тех христиан, которые отказались принять официальное определение христианской веры, принятое Никейским и Халкидонским соборами. В 528 году Юстиниан ввел закон, запрещавший «еретикам» выступать на суде свидетелями против халкидонитов. Маловероятно, что он имел в виду ариан, которые уже перестали быть значимой силой внутри империи, хотя многие западноевропейские правители-варвары придерживались арианской веры. Гораздо больше Юстиниана беспокоили так называемые монофизиты.
В восточных провинциях империи, особенно в Александрии, многие священнослужители и богословы были недовольны постановлением Никейского собора относительно божественной сущности Христа. Они полагали, что собор зашел недостаточно далеко в подчеркивании божественной – в противоположность человеческой – природы Христа. В середине V века Диоскур, патриарх Александрийский, выступил с утверждением, что две природы Христа, божественная и человеческая, соединились столь тесно, что стали физически едины. В 451 году Халкидонский собор попытался решить эту проблему, объявив, что Иисус был совершенным человеком и совершенным Богом. Но это решение не удовлетворило последователей Диоскура, полагавших, что Христос был преимущественно Богом и лишь в малой степени человеком. Их стали называть монофизитами. Если бы это был просто богословский спор, имперские власти, возможно, и не уделили бы ему особого внимания, но, к несчастью, все оказалось сложнее. К концу V века большинство жителей восточных провинций – Сирии, Палестины и Египта – придерживались монофизитских взглядов, что разжигало в них недовольство императором-халкидонитом, правящим в Константинополе.