До сих пор передача власти происходила почти бескровно, и, возможно, так все и осталось бы, если бы не вечно враждующие группировки болельщиков. Против Маврикия «синие» и «зеленые» выступали совместно, но, когда он покинул город, между ними вспыхнул спор, где какая группа должна стоять, приветствуя нового императора. Когда Фока отправил войска навести порядок, «синие» начали скандировать: «Маврикий не умер!». Опасаясь, что может начаться бунт, который приведет к восстановлению на престоле его предшественника, Фока отдал приказ убить Маврикия. Его солдаты выволокли бывшего императора и восемь членов его семьи из церкви, где те укрывались, и доставили их в гавань города Халкидон, что напротив Константинополя. Маврикий и четверо его сыновей, младший из которых был еще младенцем, были обезглавлены. Их головы привезли в Константинополь и выставили на всеобщее обозрение на военном плацу, а тела бросили в Босфор. Некоторые из них вынесло потом на берег, их видели проходившие мимо и грызли собаки.
Если Фока полагал, что эта казнь упрочит его положение на императорском престоле, то он жестоко просчитался. Страшная кончина превратила Маврикия из ставшего неугодным государственного деятеля в святого и мученика. Слухи о том, как мужественно он встретил смерть, быстро распространялись. Говорили, что нянька его младшего сына хотела подменить малыша своим ребенком в надежде спасти хотя бы одного из семьи, но Маврикий заметил подмену и настоял на том, чтобы его собственный сын предстал перед палачом. Кроме того, захватив трон и отдав приказ об убийстве, Фока положил конец долгому периоду, начавшемуся с правления Константина, когда власть переходила от императора к императору вполне мирно. Создав прецедент, он стал опасаться, что против него может быть организован контрпереворот, и потому инициировал дальнейшие убийства, избавившись сперва от родственников и ближайших соратников Маврикия, а потом от его жены, бывшей императрицы Константины, и их дочерей. Среди жертв оказались и некоторые из самых успешных полководцев империи, которые вели военные кампании против аваров и персов. Фока еще не знал, что очень скоро ему понадобятся талантливые военачальники.
Весной 603 года новый император отправил посольство в Персию, чтобы сообщить о своем вступлении на престол Хосрову II. Это известие не было встречено благожелательно. Хосров захотел знать, что случилось с его другом и благодетелем Маврикием, и заявил, что при его дворе находится один из сыновей Маврикия, уцелевший после казни. И негодование, и заявление были притворством. На деле Хосров искал предлога, чтобы возобновить войну с Византией. И теперь такой предлог у него был. А пока император пытался упрочить свое положение в Константинополе, персы могли быть уверены, что не получат серьезного отпора. Летом 604 года войско Хосрова перешло границу и захватило город Дара, отданный Маврикию в 591 году. Встречая сопротивление лишь в единичных случаях, персы осаждали города один за другим, в частности Эдессу, и захватывали их.