Фриновский, давний покровитель Миронова, был переведён из НКВД во флот и потерял прежнее значение. Сам Сергей Наумович, очень довольный постоянными повышениями, до некоторых пор не опасался попасть под пулю. Но в конце 1938-го целыми толпами в тюрьмы загремели, казалось, всесильные начальники отделов союзного НКВД и главы местных управлений НКВД — все, как на подбор, орденоносцы и депутаты. Одновременно благополучно перешедший в НКИД Миронов стал свидетелем расправы над множеством дипломатов — и только тогда испугался по-настоящему. Миронов со временем всё больше и больше боялся ареста и, твердя жене: «Я ничего не понимаю, ничего!», даже забаррикадировал комодом дверь грузового лифта, поднимавшегося прямо в квартиру. Он очень опасался, что его могут взять спящим и под подушкой постоянно держал именной маузер.
Новый, 1939-й, год Мироновы встретили на ёлке в Кремле, сидя неподалеку от вождя народов. А уже 6 января Миронова арестовали. Неурочный вызов на работу прямо с дружеской вечеринки объяснил ему всё. Маузер Миронова лежал в квартире, где его наверняка ждали. Побродив шесть часов по улицам Москвы, замнаркома обречённо пришёл в НКИД, откуда его сразу увезли на Лубянку[298].
Следствие по делу (вёл его напористый и беспощадный Павел Мешик, четырнадцать лет спустя удостоенный чести получить пулю вместе с самим Берией) шло больше года. Много знавший и много чего наделавший Миронов был обречён. И сибирские, и монгольские дела превращали его в заговорщика, «сообщника Ежова» (об этом вспоминал в 1953 г. сам Мешик, уже будучи под стражей), стремившегося дискредитировать советскую власть незаконными репрессиями.
Понимая правила игры, на следующий же день после допроса Берией, 27 января 1939 г., Миронов написал новому наркому внутренних дел обычное для практики тех лет заявление, в котором заявил о готовности с полной откровенностью изложить известные ему факты враждебной деятельности, проводившееся в органах НКВД Ежовым, Фриновским и другими руководителями. И заявил о том, что в июле 1937 г. Фриновский ему поведал, что Ежов намерен свергнуть руководство страны и лично встать у руля. Для этой цели Ежов намерен использовать аппарат НКВД и обстановку массовых репрессий с целью вызвать всеобщее недовольство и недоверие к власти[299]. Между тем арест Ежова и Фриновского последовал только в апреле 1939 г.
На следствии Миронов, в частности, показал: «За период своей антисоветской деятельности в Новосибирске до августа 1937 г. я принёс большой ущерб государству. Он определяется не только количеством невинных жертв, но и теми настроениями населения, которое воспринимало эти аресты. […] Я, как участник заговора, пропускал через тройку липовые дела на лиц, среди которых была некоторая часть ни в чём не повинных партийных и советских активистов. […] Я успел пропустить через тройку около (далее в документе следует прочерк — А. Т.) человек и за все невиновные жертвы, попавшие в это число, несу ответственность». Признал Миронов вину и за преступления, совершённые в Монголии