Из осуждённых тройкой расстреляли 952 чел. (и ещё один осуждённый к ВМН умер от сыпного тифа до приведения приговора в исполнение), осудили на 10 лет лагерей — 686, на 5 лет — 248, к меньшим срокам — 67 чел. Правда, согласно сведениям В. Ф. Гришаева, в Новосибирске 11 апреля 1933 г. были расстреляны ещё 84 участника заговора, что заметно увеличивает число его жертв. Наибольшее количество «заговорщиков» было расстреляно в Барнауле — 330, в Омске — 281, Томске — 104, Ойрот-Туре (ныне — Горно-Алтайск) — 78, Бийске — 57, Барабинске — 19[54].
Алексеев 14 апреля 1933 г. доложил на бюро крайкома ВКП(б) о «раскрытии» двух заговоров — «белогвардейского» и «сельскохозяйственного». Руководство Сибири на самом деле к тому времени уже хорошо знало о гигантском размахе «вредительства» и «повстанчества», позаботившись, чтобы все «враги» были быстро осуждены во внесудебном порядке. Заслушав полпреда, крайком постановил просить Коллегию ОГПУ «при рассмотрении дел этих организаций применить самые суровые репрессии к контрреволюционным белогвардейским, повстанческим и вредительским элементам». В собственной же твёрдости сибирские руководители не сомневались. 7 марта 1933 г. Эйхе в телеграмме, адресованной Сталину, просил дать тройке право применять высшую меру наказания в отношении «контрреволюционеров». Вождь подождал, но 4 апреля 1933 г. Политбюро ЦК ВКП (б), откликаясь на телеграмму крайкома, предоставило тройке полпредства ОГПУ по Запсибкраю «право рассмотрения дел по повстанчеству и контрреволюции».
Именно через тройку прошло основное количество «заговорщиков». Массовые казни по «заговору в сельском хозяйстве» были произведены в том же апреле и начале мая, так что на всесоюзном совещании полпредов ОГПУ, созванном 3 мая 1933 г., Алексеев смог отчитаться просто о выдающихся результатах своей работы.
Сомневаться в том, что такое дело можно было сфабриковать только с помощью разветвлённой агентуры, нет оснований. Подробно данный «заговор» не изучался (по нему только в Новосибирске одних специалистов-аграрников было арестовано 69, много интеллигенции «изъяли» и в Омске), но известно, что его «младший брат» — пресловутый «белогвардейский заговор», по которому было арестовано 1.759 бывших белых офицеров, интеллигентов, церковнослужителей и красных партизан — был достоверно создан с помощью ряда чекистских агентов. Они деятельно помогли сфабриковать этот «заговор», за что получили (хотя и не все) фирменную чекистскую благодарность — пулю в затылок.
Следовавший в обвинительном заключении под вторым номером (сразу за знаменитым генералом, учёным, мемуаристом В. Г. Болдыревым) Х. Е. Бутенко — бывший полковник царской армии и глава войск Приморского правительства при Колчаке — был агентом ОГПУ с 1923 г. Другим чекистским помощником являлся также записанный в руководители заговора Р. П. Степанов — бывший генерал-майор, командовавший 2-й Оренбургской казачьей дивизией и воевавший в корпусе генерал-лейтенанта А. С. Бакича. Незадолго до ареста агент Степанов был внедрён в германское консульство в Новосибирске — бывшего генерала устроили туда на работу в качестве истопника, но поскольку вся советская обслуга маленького консульства и так была заагентурена, Алексеев счёл возможным пожертвовать этим источником и провёл его по «заговору».