Прошение было уважено, судя по тому, что уже в 1757 году начинается созидание нового кирпичного собора. Эти работы осуществлялись при игумене Антонии (1757–1759 годы). Далее монастырем управлял игумен Андрей (1760–1768 годы).
Стройка шла быстро, и в несколько лет собор был возведен до глав. Однако реформы Екатерины II пагубно сказались на судьбе многих обителей, в том числе и Бобренева монастыря. Екатерина II готовила монастырскую реформу, так называемую секуляризацию, при которой монастырские земли отторгали в казну, а обители разделяли на классы, а каждый монастырь получал жалованье соответственно классу.
Некоторые монастыри вообще остались «за штатом». То есть они и владений своих лишались, и жалованья от государства не получали.
В числе таких монастырей оказался и Бобренев. В 1764 году он оставлен за штатом и последующие два десятка лет сказались на нем самым губительным образом. Почти завершенное строительство нового собора остановилось.
В 1790 году при епископе Афанасии начинается возрождение монастыря. На месте существующего храма было возведено сооружение новой архитектурной формы, состоящее из двух этажей, трапезная находилась наверху. Построены были также игуменские покои и архиерейский дом.
По проекту зодчего Матвея Казакова в 1795 году монастырь был огражден каменной оградой с башнями по углам.
В 1830 году двухэтажный храм был переделан в одноэтажный, верхний этаж был убран. Так как зимой в храме было холодно, то были устроены два придела: в честь Казанской и Феодоровской икон Божией Матери.
Во второй половине XIX века на территории монастыря стали появляться новые хозяйственные помещения.
Возрождение обители началось в 1991 году после благословления его Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Алексием II. С этого момента начинаются работы по ремонту и восстановлению Бобренева монастыря.
14 апреля 1903 года в соборе открылась приходская школа. Инициатором ее открытия был игумен Варлаам.
В 1917–1918 годах монастырь был разорен и разграблен, погибла галерея портретов коломенских владык. По преданию, именно в годы гражданской войны была сделана попытка похищения Феодоровской иконы; рассказывали, что один из церковнослужителей при этом погиб.
В начале 1920-х годах монастырь закрыли. Но, в силу определенной консервативности Коломенского уезда, это не проходило так стремительно, как в городе. Некоторые монахи оставались еще на своих местах, продолжали прием и лечение больных. Совершалась служба в соборе и Феодоровском храме.
Возрождение обители началось в 1991 году после благословления его Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Алексием II. С этого момента начинаются работы по ремонту и восстановлению Бобренева монастыря.