Удивительно, но храм миновала участь многих других: в период революции и в советское время храм не закрывался и не разрушался. В середине 30-х годов XX века в него была перенесена кафедра патриаршего местоблюстителя митрополита Сергия (Страгородского), впоследствии патриарха. Он был погребен в Никольском приделе собора в 1944 году.
В Елоховском соборе Богоявления находятся несколько православных святынь: список чудотворной Казанской иконы Божией Матери, мощи святителей Иоасафа Белгородского и Алексия, митрополита Московского и всея Руси.
Святитель Алексий происходил из боярского рода. В миру назывался Елевферием. Он родился в 1300 году и с раннего детства отдан был учиться грамоте. «Бог прежде избрал от юности пастыря овцам и учителя великого» и рано открыл будущему святителю его высокое предназначение. Когда мальчику было 12 лет, он раскинул сети для ловли птиц, незаметно для самого себя задремал и вдруг явственно услышал голос: «Алексий! Что напрасно трудишься? Ты будешь ловить людей». С этих пор Елевферией стал задумчив, молчалив, перестал играть в детские игры и охотнее начал читать Священное Писание. Склонность к душеспасительному чтению и молитве росла в нем с каждым годом, и скоро самым пламенным желанием его стало вступить в монастырь, чтобы совершенно посвятить себя Богу.
И в 1320 году в 20 лет он поступил в Богоявленский монастырь в Москве и был пострижен в монахи с именем Алексий. Двадцать лет пробыл Алексий в Богоявленском монастыре, укрепляя свой дух постом и бдением, молитвами и слезами, изучая Святое Писание, совершенствуясь и возвышаясь в духовной жизни.
В 1354 году святитель вступил на кафедру Российской митрополии. Вскоре святитель Алексий вынужден был отправиться в Орду по требованию хана Джанибека для исцеления ослепшей ханши Тайдулы. По воле Божией исцеление совершилось, отслужив над Тайдулой молебен, святитель Алексий окропил болящую святой водой, и княжна прозрела. Это чудо произошло в день Святого Архистратига Божия Михаила. Хан пожаловал святителю Алексию участок земли в Кремле, на котором в 1365 году был воздвигнут Чудов монастырь (снесен в 1930 году).
Великим чудотворцем был этот юродивый. Считается, что именно по его молитвам была спасена Москва от сожжения ханом Махмедом-Гиреем в 1521 году.
Святитель Алексий скончался 12 февраля 1378 года. Он завещал положить тело его в Чудовом монастыре, указал и место погребения «за алтарем храма». Он, будучи скромен и смирен, не пожелал быть похороненным в храме. Но благочестивый великий князь Дмитрий Иоаннович Донской, глубоко почитавший великого святителя, повелел положить тело митрополита Алексия в церкви, близ алтаря