В Сирии ИГИЛ приступили к борьбе с курдами на севере страны. Они призывают также к войне со всеми христианами, осквернению крестов и святынь, похищению приверженцев этой веры и убийствам. Денонсировано соглашение халифа Умара VII века, которое регулировало добрососедскую жизнь христиан и мусульман в Сирии.
Во время гражданской войны радикальные исламисты, сосредоточенные вокруг «Исламского государства Ирака и Леванта» и «Сирийского исламского фронта», производили этнические чистки христиан, алавитов, шиитов, курдов, а также законопослушных суннитов. Волна насилия прокатилась после резни христиан в Ад-Дувайре в мае 2013 года, когда были убиты почти все жители деревень. В июне исламисты казнили 60 шиитов, а в конце июля похитили 200 человек, которым рубили головы до тех пор, пока курды-партизаны не освободили лидера чеченских союзников группировки. В это время приверженцы ИГИЛ совершали казни после захвата Хан-эль-Асаль – был убит 51 солдат.
В сентябре 2013 года джихадисты убили 190 алавитов, потом атаковали исторический для христиан город Маалула. После его оккупации они сожгли и разграбили церкви и убили людей, которые не согласились перейти в ислам. Чисткам противостоит сирийская армия, которая вытеснила фанатичных мятежников из города. В октябре 2013 года войска ИГИЛ вели тяжелый бой за христианский город Садад, который закончился их сокрушительным поражением. В битве, которая длилась неделю, погибло 100 солдат и 80 исламистов, которые убили 45 гражданских – христиан. Террористы разрушают и грабят дома, церкви и другие места христианского культа.
Военная тактика джихадистов вынудила сирийскую оппозицию отделиться от исламских экстремистов и осудить случаи нарушения прав человека – в том числе похищения, убийства и массовые казни. 11 октября 2013 года сирийская оппозиция объявила о стремлении придерживаться международного права и обещала выдать в руки правосудия преступников, обвиняя в то же время международные институции в бездеятельности. Это привело к тому, что восставшие подвергли себя угрозе со стороны радикальных экстремистов.
В 2013 году был основан «Исламский фронт», союзник группировок исламских боевиков, противоборствующих деятельности ИГИЛ на территории Сирии. Он значительно превосходил по численности Сирийскую свободную армию, и его создание стало ответом на растущую силу «Исламского государства Ирака и Леванта». С начала 2014 года на территориях, захваченных восставшими, началась открытая вооруженная война между «Исламским государством Ирака и Леванта» и сирийской оппозицией. Против ИГИЛ выступили «Исламский фронт», Сирийская свободная армия и ее союзники и «Аль-Каида», которая провозгласила, что у нее нет никаких связей с ИГИЛ и она не несет ответственности за его действия. Сирийские повстанцы обвинили ИГИЛ в нарушении Божественных заповедей, распространении насилия и кровопролитии.