Продвижение войск обеспечивали инженерно-саперные части. В стрелковых дивизиях для этой цели выделялось от взвода до саперной роты, в стрелковых корпусах — от роты до саперного батальона, в каждой армии — до двух инженерно-саперных батальонов. Дополнительно к этому в полосе наступления каждой армии по восстановлению армейских маршрутов работали военно-строительные отряды.
Кроме того, в 3-м Украинском фронте на период преследования и боев в Вене были организованы специальные штурмовые группы силою до роты саперов. Эти группы действовали совместно с пехотой и танками, продвигались на лошадях, автомашинах, мотоциклах и использовались для захвата мостов и упреждения разрушения их противником. За период с 20 марта по 10 апреля группы захватили штурмом девять крупных мостов через реки Раба и Дунай.
На основании опыта штурма Будапешта при штурме Вены войсками 3-го Украинского фронта инженерные части и в первую очередь штурмовые инженерно-саперные бригады придавались пехотным и танковым частям для действий в составе штурмовых и блокировочных групп.
О работе, проделанной инженерными войсками, обеспечивавшими наступление войск правого крыла 3-го Украинского фронта, красноречиво говорят следующие цифры: за период с 16 марта по 16 апреля на Венском направлении ими было построено 165 мостов, из них 71 мост под грузы в 16, 30 и 60 т.
Работа тыловых органов армий и фронтов в ходе Венской операции подчинялась основной задаче — бесперебойному снабжению наступавших войск боеприпасами, продовольствием и горюче-смазочными материалами.
Органы тыла и железнодорожные войска 46-й армии 2-го Украинского фронта успешно справились с восстановлением железнодорожных участков вслед за наступавшими войсками. В полосе наступления армии в ходе операции был восстановлен участок Кобанья, Буда, Бичке, Тата, Дьёр.
К 1 апреля станция снабжения этой армии открылась в Тата. Дальнейший подвоз к войскам шел по грунтовым дорогам, находившимся в удовлетворительном состоянии. Перебоев в движении транспортов и эвакуации не наблюдалось.
Войска армии к концу операции были обеспечены в достаточном количестве всеми видами довольствия. В ходе операции неснижаемый запас боеприпасов поддерживался в войсках в пределах от одного до полутора боекомплектов и такое же количество боеприпасов имелось на армейских складах. Горюче-смазочными материалами войска обеспечивались бесперебойно.
Также без перебоев обеспечивались всем необходимым и войска правого крыла 3-го Украинского фронта.
Вследствие быстрого и безостановочного движения наших войск отступавший противник не успевал производить коренных разрушений на железных дорогах. Поэтому восстановление железнодорожных линий сводилось к исправлению повреждений пути на отдельных перегонах, восстановлению станционных путей, пунктов водоснабжения, восстановлению линий связи и освобождению путей от разбитого и сожженного подвижного состава.