Командовал войсками 2-го Украинского фронта маршал Малиновский. Это был опытный военачальник, который показал свою зрелость в 1936–1938 годах в Испании, где был военным советником в республиканской армии. В марте 1941 года его, генерал-майора, назначили в Одесский военный округ командиром 48-го стрелкового корпуса. Здесь, на берегу Прута, он и встретил войну.
Занимая 240-километровый по фронту участок, корпус планомерно отходил от одного оборонительного рубежа к другому, нанося противнику потери. В районе Николаева противнику удалось корпус окружить. Немецкие самолеты разбрасывают листовки, призывая окруженных сдаться в плен: «Все вы в кольце и выхода из него нет!» Однако комкор находит выход: бойцы разрывают клещи и прорываются из окружения.
Командующий Южным фронтом генерал-полковник Черевиченко так аттестовал Малиновского:
«Тверд, решителен, волевой командир… В сложных условиях боя умело руководил войсками, а на участках, где создавалась тяжелая обстановка, появлялся сам и личным примером, бесстрашием и уверенностью в победе воодушевлял войска на разгром врага. В течение месяца войны части корпуса Малиновского бессменно вели упорные бои с превосходящими силами противника и вполне справились с поставленными задачами. Сам Малиновский за умелое руководство представлен к награде».
Осенью он возглавил 6-ю армию. Двадцать два дня армия держала оборону на Днепре. Потеряв надежду на успех, гитлеровское командование перенесло усилия на соседние участки фронта.
1942 год генерал-лейтенант Малиновский встретил уже командующим войсками Южного фронта.
Командование Юго-Западным, стремясь использовать успех наступления под Москвой, запросило Ставку о проведении наступательной операции на юге с целью освобождения Донбасса.
Предложение было заманчивым, и Ставка дала согласие. Но не обеспечила наступающих необходимыми силами и средствами.
Войска Южного фронта перешли в наступление, нанесли врагу потери, но и сами оказались обескровленными. А вскоре, летом, немцы предприняли наступление на Кавказ.
Против мощных — неприятельских сил Южный фронт устоять не смог.
Много позже в одном из интервью Родиона Яковлевича спросили: «Какой день войны вам наиболее памятен?» Он ответил: «Одного дня назвать не могу. Тем более что память о поражениях вообще острее и долговечнее памяти о победах. Памятен, конечно, и день освобождения Одессы, это моя родина, и дни Ясско-Кишиневской операции, и Будапешт, и день Победы над Германией, но, может быть, памятнее всего самый тяжелый день — когда пришлось оставить Ростов».