Николай Степанович был разносторонне развитым человеком. Он много читал, сам писал, любил музыку, театр, хорошо играл на фортепиано, неплохо пел. Неслучайно его дочь Ольга Николаевна уже в советское время стала профессиональной певицей. И ещё: он любил семью, жену, детей — а их у него было пятеро, любил проводить время в кругу семьи, хотя это удавалось ему редко. Вступление России в войну с Германией и Австро-Венгрией навсегда разлучило Батюшина с семьёй, которая в то время жила в Казани. Он писал с фронта жене, и эти письма она бережно хранила, а после революций 1917 года тщательно скрывала.
С первых дней войны Николай Батюшин возглавил разведывательное отделение главнокомандующего армиями Северо-Западного фронта. В его зону ответственности вошли большие территории: Прибалтика, Финляндия, побережье Балтийского моря, Петроградский военный округ.
В декабре 1915 года Батюшину присваивается звание генерал-майора. По поручению Генерального штаба он осуществляет инспекционные поездки и на другие фронты, где проверяет организацию разведывательной службы.
После в своих воспоминаниях Николай Степанович отметит, что, к великому сожалению, «… блестящий опыт тайной разведки мирного времени был сведён почти на “нет” во время войны…». Аналогичное положение складывалось и по линии борьбы со шпионажем. «Весь почти первый год войны контрразведкой никто из высших военных органов не интересовался совсем, и потому она велась бессистемно, чтобы не сказать спустя рукава», — подводит печальный итог Батюшин.
Но успехи были, причём не только в борьбе со шпионажем. В середине 1916 года генералу Батюшину в срочном порядке поручается выполнение государственных задач особой важности, связанных уже с внутренними врагами. К таким был причислен ряд финансовых воротил, нагло обирающих страну. Их обширные связи вели к самой императрице и её фавориту Григорию Распутину.
Первым в разработку контрразведки попал ближайший сподвижник Распутина банкир Дмитрий Рубинштейн. Он подозревался во многих грехах: в связях с немецким капиталом, в финансовых операциях в его пользу, в дискредитации рубля, в спекуляции хлебом на Волге и других. Но самым громким делом стало так называемое дело о сахарозаводчиках. Поводом для расследования комиссией, созданной Батюшиным из квалифицированных офицеров контрразведки, явилось исчезновение с российского внутреннего рынка сначала сахара, затем хлеба и других предметов первой необходимости.
Батюшин добился ареста Митьки (таково было прозвище Рубинштейна), у которого при обыске, кстати говоря, был обнаружен секретный документ штаба Третьей армии. Но Февральская революция спутала все карты. Двадцать восьмого февраля Митька Рубинштейн был освобождён из тюрьмы «восставшим народом», как писали газеты того времени.