На переходе морем командующий эскадрой Л. Гейден, присмотревшись к расторопному гардемарину, назначил Владимира Истомина своим порученцем.
Во время Наваринского сражения флагманский корабль «Азов» принял на себя основной огневой шквал египетско-турецкой эскадры.
Отражая атаки пяти вражеских кораблей, ответный орудийный шквал «Азова» вскоре вывел из строя флагманов неприятеля. «Все русские корабли отважно сражались против превосходящих сил противника, — в тот же день доносил флагман. — Капитаны и прочие офицеры российской эскадры исполняли долг свой с примерным рвением, мужеством и презрением всех опасностей; нижние чины отличались храбростью и повиновением, которые достойны подражания.
Неустрашимый капитан первого ранга М. Лазарев… управляя движениями „Азова“ с хладнокровием, искусством и мужеством примерным; капитаны Авинов, Хрущев, Богданович и Свинкин равно отличились. Сей последний, хотя при начале дела был тяжело ранен картечью, но продолжал командовать во всё сражение, держась около четырёх часов за канат и на коленях на палубе своего корабля. Капитан „Гангута“ Авинов явил также пример редкого присутствия духа; турецкий фрегат, обращённый в брандер, пробрался между сим кораблём и адмиральским бугшпритом, уже сцепился с „Гангутом“, капитан Авинов велел брать сей фрегат на абордаж, и человек, готовившийся оный зажечь, убит с фитилём в руках.
Один из турецких фрегатов, сражавшихся против корабля „Александр Невский“, сдался и спустил флаг, который взят; турки на другой день отправлены на берег, а фрегат потонул»..
Контр-адмирал Гейден под огнём неприятеля умело руководил действиями кораблей русской эскадры. Ему помогал и юный порученец Владимир Истомин, получивший боевое крещение в этом сражении. Наградой ему был серебряный крест Святого Георгия.
Среди отличившихся в Наваринском сражении Гейден отметил и своих помощников — «должность исполняли с необыкновенным усердием и деятельностью, а особенно Истомин, коего не могу довольно нахвалиться».
Спустя десять дней Гейден, превышая свои полномочия, произвёл Истомина и его товарищей в мичманы — первый офицерский чин, о чём доносил Меншикову: «Во уважение отличной их храбрости и деятельности во время сражения».
Два года мичман Истомин во время войны с Турцией на «Азове» крейсирует в Средиземном море, участвует в блокаде Дарданелл и затем возвращается с эскадрой М. Лазарева в Кронштадт.
Представляя список офицеров, достойных награды, Лазарев характеризует 19-летнего мичмана В. Истомина: «Весьма исправен и в должности ревностный и деятельный офицер». Адмирал упоминает Истомина среди «тех офицеров, которые в продолжении времени соделались, так сказать, украшением нашего флота».