— Поимейте в виду, Владимир Иванович, — наставлял Лазарев перед убытием Истомина, — Воронцов вояка стрелянный со времён Наполеона. Потому Старайтесь лицом в грязь не ударить. Впрочем, вы дипломатии в Греции обучились.
Три с лишним года провёл Истомин в ставке Воронцова. Приходилось ему не только обеспечивать взаимодействие войск на Кавказском побережье, но и сопровождать Воронцова на Каспий, где он начал операцию против Шамиля. Но связи с флотом Истомин не порывал, о чём свидетельствует его переписка с Лазаревым.
Лазарев благодарит Истомина за сведения о Каспийском театре, старается подбадривать его в борьбе с местными казнокрадами:
«Честность, самолюбие и деятельность, соединяясь вместе, расторгают всякие преграды, и никакая бестия против них не устоит».
Лазарев сообщал Истомину о всех важных событиях флотской жизни, о строительстве офицерского собрания, о восстановлении Морской библиотеки. Не забывает и о дружбе Истомина с Нахимовым. «„Кагул“ назначен в Абхазский отряд, и на нем пойдёт П. С. Нахимов. Может быть, вы там его увидите».
«Зимой 1848 года в Новороссийской бухте, во время жестокого урагана, бури, — Лазарев делился своими переживаниями за утраты, — выкинуло на берег корвет „Пилад“, бриг „Паламед“, пароход „Боец“ и транспорт „Гостогай“, а тендер „Струя“ затонул на бриделе со всем экипажем, командиром и офицерами! Подобного ужасного случая никогда ещё не было… Бедная „Струя“! Если бы он догадался отдать ночью свои цепи у бочки, то хоть и разбило бы его на берегу, но спаслись бы люди! Если ко всему этому, т. е. к ужасному этому урагану, прибавлю вам, что морозу тогда было -14°, то вы можете представить себе, в каком положении суда наши в Новороссийске находились и что они вытерпели! Многие из офицеров и нижних чинов остались с отмороженными членами!..»
Истомин в курсе всех событий на флоте. Получив от Лазарева известие о закладке новых кораблей, он отвечает: «Я был душевно рад прочесть, что взамен „Варшавы“ заложен 120-пушечный корабль „Париж“ и что он строится по плану „Двенадцати апостолов“.
Распространяться об этом прекрасном корабле считаю излишним, но не могу не поздравить в.в. пр-во с тем, что постройкой этого нового корабля вся старая грейговская ветошь Чёрного моря окончательно вычеркнется из списков и что, следовательно, таких пятнадцать кораблей, какие теперь в Черном море находятся, не представит ни одна из морских держав».
Истомин ещё не знает, что Лазарев уже прочит ему командовать «Парижем», а пока он участвует в схватках Кавказской войны…
За отличия в сражениях он удостаивается ордена Святой Анны II степени. В 1847 году проявляет отвагу при штурме укрепления Шамиля в Салтах, ему присваивают звание капитана 1-го ранга и назначают командиром 120-пушечного корабля «Париж». С первых шагов он приводит корабль в образцовое состояние, а выучку экипажа строит по образцу подготовки на «Двенадцати апостолах». Первую кампанию 1850 года «Париж» успешно крейсирует в Абхазской экспедиции у восточных берегов Чёрного моря. Возвратившись из плавания, зимой 1851 года, Истомин по просьбе Лазарева сопровождает его на лечение в Вену и находится с ним до последних дней.